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 **Tools for molecular typing of regulated xanthomonads and beyond** **Tools for molecular typing of regulated xanthomonads and beyond**
  
-^  Pathogen  ^  Fingerprints  ^  VNTR/MLVA  ^  CRISPR  ^  MLSA/MLST  | +^  Pathogen                                                       ^  Fingerprints                                                                                                                                                                                                                                                                                           ^  VNTR/MLVA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ^  CRISPR                                                                                                                                                                                                                                                       ^  MLSA/MLST                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ^ 
-|**A1 list** ||||| +| **A1 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ||||| 
-|//X. citri// pv. //aurantifolii//   |  NA<sup>1</sup>     |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] | +| //X. citri// pv. //aurantifolii//                               |  NA<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                         |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|//X. citri// pv. //citri//   |[[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|Escalon (2013)]] |[[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|Bui Thi Ngoc (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12369|Vernière (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|Pruvost (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|Leduc (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mec.14007|Richard (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|Pruvost (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|Pruvost (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|Pruvost (2022)]] |[[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|Jeong (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|Bellander (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.13729|Ibrahim (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1093/femsle/fnae005|Martins (2024)]] |[[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0490-R|Okoh (2024)]] | +| //X. citri// pv. //citri//                                      | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|Escalon (2013)]]                                                                                                                                                                                | [[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|Bui Thi Ngoc (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12369|Vernière (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|Pruvost (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|Leduc (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mec.14007|Richard (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|Pruvost (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|Pruvost (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|Pruvost (2022)]]  | [[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|Jeong (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|Bellander (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.13729|Ibrahim (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1093/femsle/fnae005|Martins (2024)]]  | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0490-R|Okoh (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
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-|//X. oryzae// pv. //oryzae//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|George (1997)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]] , \\  [[https://doi.org/10.1186/s12284-023-00648-x|Diallo (2023)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|Wonni (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|Sakthivel (2021)]] | +| //X. oryzae// pv. //oryzae//                                    | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|George (1997)]]                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]] , \\  [[https://doi.org/10.1186/s12284-023-00648-x|Diallo (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|Wonni (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|Sakthivel (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
-|//X. oryzae// pv. //oryzicola//   |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]] | +| //X. oryzae// pv. //oryzicola//                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
-|**A2 list** ||||| +| **A2 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ||||| 
-|//X. arboricola// pv. //corylina//   |  NA  |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]] | +| //X. arboricola// pv. //corylina//                              |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
-|//X. arboricola// pv. //juglandis//   |[[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|Loreti (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|Hajri (2010)]] |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]] | +| //X. arboricola// pv. //juglandis//                             | [[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|Loreti (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|Hajri (2010)]]                                                                                           | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
-|//X. arboricola// pv. //pruni//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]] |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]] | +| //X. arboricola// pv. //pruni//                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]]                                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
-|//X. axonopodis// pv. //poinsettiicola//   |  NA  |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|Rockey (2015)]] | +| //X. axonopodis// pv. //poinsettiicola//                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|Rockey (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
-|//X. euvesicatoria// pv. //euvesicatoria//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bjm.2017.08.011|Vancheva (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.09.2024.0138|Siddique (2025)]] |[[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]] | +| //X. euvesicatoria// pv. //euvesicatoria//                      | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bjm.2017.08.011|Vancheva (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.09.2024.0138|Siddique (2025)]]                                       | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
-|//X. euvesicatoria// pv. //perforans//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |[[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]] | +| //X. euvesicatoria// pv. //perforans//                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
-|//X. fragariae//   |[[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|Pooler (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.3961-3965.1998|Roberts (1998)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0933-SC|Wei (2023)]] | +| //X. fragariae//                                                | [[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|Pooler (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.3961-3965.1998|Roberts (1998)]]                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0933-SC|Wei (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
-|//X. hortorum// pv. //gardneri//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]] | +| //X. hortorum// pv. //gardneri//                                | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
-|//X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS.2004.88.9.980|Khoodoo (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|Donahoo (2013)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] | +| //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS.2004.88.9.980|Khoodoo (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|Donahoo (2013)]]                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|//X. phaseoli// pv. //phaseoli//, //X. citri// pv. //fuscans//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.6.593|Mkandawire (2004)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] | +| //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, //X. citri// pv. //fuscans//  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.6.593|Mkandawire (2004)]]                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|//X. translucens// pv. //translucens//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|Bragard (1997)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-0876|Rademaker (2006)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-17-0271-R|Curland (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|Khojasteh (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|Curland (2020]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]] | +| //X. translucens// pv. //translucens//                          | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|Bragard (1997)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-0876|Rademaker (2006)]]                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-17-0271-R|Curland (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|Khojasteh (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|Curland (2020]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
-|//X. vesicatoria//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bjm.2017.08.011|Vancheva (2018)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]] | +| //X. vesicatoria//                                              | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bjm.2017.08.011|Vancheva (2018)]]                                                                                                            |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
-|//Xylella fastidiosa//   |[[https://doi.org/10.1128/AEM.67.9.4091-4095.2001|Coletta-Filho (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.8.3731-3736.2002|Coletta-Filho (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2003.93.1.28|Coletta-Filho (2003)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-10-1338|Montero-Astúa (2007)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.67.9.4091-4095.2001|Coletta-Filho (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.8.3731-3736.2002|Coletta-Filho (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2003.93.1.28|Coletta-Filho (2003)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-10-1338|Montero-Astúa (2007)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s41598-020-68072-5|Mazzaglia (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s42003-023-04499-6|Dupas (2023)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8491-8499.2005|Scally (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02388-07|Almeida (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-100-6-0601|Yuan (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.06679-11|Parker (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01126-12|Nunney (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03208-12|Nunney (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02920-13|Nunney (2014a)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112463|Nunney (2014b)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00203-016-1245-1|Marcelletti (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-09-16-0321-R|Coletta-Filho (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01521-19|Landa (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/aem.02356-21|Kahn (2022)]] | +| //Xylella fastidiosa//                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.67.9.4091-4095.2001|Coletta-Filho (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.8.3731-3736.2002|Coletta-Filho (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2003.93.1.28|Coletta-Filho (2003)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-10-1338|Montero-Astúa (2007)]]  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.67.9.4091-4095.2001|Coletta-Filho (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.8.3731-3736.2002|Coletta-Filho (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2003.93.1.28|Coletta-Filho (2003)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-10-1338|Montero-Astúa (2007)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s41598-020-68072-5|Mazzaglia (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s42003-023-04499-6|Dupas (2023)]]                                                                                      |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8491-8499.2005|Scally (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02388-07|Almeida (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-100-6-0601|Yuan (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.06679-11|Parker (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01126-12|Nunney (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03208-12|Nunney (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02920-13|Nunney (2014a)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112463|Nunney (2014b)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00203-016-1245-1|Marcelletti (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-09-16-0321-R|Coletta-Filho (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01521-19|Landa (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/aem.02356-21|Kahn (2022)]]  
-|**Other** ||||| +| **Other**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ||||| 
-|//X. phaseoli// pv. //manihotis//   |  NA  |[[https://doi.org/10.1038/s41598-020-68072-5|Mazzaglia (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s42003-023-04499-6|Dupas (2023)]] |  NA  |  NA  |+| //X. phaseoli// pv. //manihotis//                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0079704|Arrieta-Ortiz (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-14-161|Trujillo (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-18-0210-R|Rache (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1590/S1678-3921.pab2023.v58.03299|De Oliveira (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0285491|Rache (2023)]]                                                                                                                                                                      |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |
  
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 Bellanger N, Dereeper A, Koebnik R (2022). Clustered regularly interspaced short palindromic repeats in //Xanthomonas citri //- witnesses to a global expansion of a bacterial pathogen over time. Microorganisms 10: 1715. DOI: [[http://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|10.3390/microorganisms10091715]] Bellanger N, Dereeper A, Koebnik R (2022). Clustered regularly interspaced short palindromic repeats in //Xanthomonas citri //- witnesses to a global expansion of a bacterial pathogen over time. Microorganisms 10: 1715. DOI: [[http://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|10.3390/microorganisms10091715]]
  
-Boudon S, Manceau C, Nottéghem JL (2005). Structure and origin of //Xanthomonas arboricola// pv. pruni populations causing bacterial spot of stone fruit trees in Western Europe. Phytopathology 95: 1081-1088. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|10.1094/PHYTO-95-1081]]+Boudon S, Manceau C, Nottéghem JL (2005). Structure and origin of //Xanthomonas arboricola// pv. //pruni// populations causing bacterial spot of stone fruit trees in Western Europe. Phytopathology 95: 1081-1088. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|10.1094/PHYTO-95-1081]]
  
 Bragard C, Singer E, Alizadeh A, Vauterin L, Maraite H, Swings J (1997). //Xanthomonas translucens// from small grains: diversity and phytopathological relevance. Phytopathology 87: 1111-1117. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111]] Bragard C, Singer E, Alizadeh A, Vauterin L, Maraite H, Swings J (1997). //Xanthomonas translucens// from small grains: diversity and phytopathological relevance. Phytopathology 87: 1111-1117. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111]]
  
-Bui Thi Ngoc L, Vernière C, Jouen E, Ah-You N, Lefeuvre P, Chiroleu F, Gagnevin L, Pruvost O. (2010). Amplified fragment length polymorphism and multilocus sequence analysis-based genotypic relatedness among pathogenic variants of //Xanthomonas citri// pv. citri and //Xanthomonas campestris// pv. bilvae. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60: 515-525. DOI: [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|10.1099/ijs.0.009514-0]]+Bui Thi Ngoc L, Vernière C, Jouen E, Ah-You N, Lefeuvre P, Chiroleu F, Gagnevin L, Pruvost O. (2010). Amplified fragment length polymorphism and multilocus sequence analysis-based genotypic relatedness among pathogenic variants of //Xanthomonas citri// pv. //citri// and //Xanthomonas campestris// pv. //bilvae//. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60: 515-525. DOI: [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|10.1099/ijs.0.009514-0]]
  
-Bui Thi Ngoc L, Verniere C, Vital K, Guerin F, Gagnevin L, Brisse S, Ah-You N, Pruvost O (2009). Development of 14 minisatellite markers for the citrus canker bacterium, //Xanthomonas citri// pv. citri. Mol. Ecol. Resour. 9: 125-127. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x]]+Bui Thi Ngoc L, Verniere C, Vital K, Guerin F, Gagnevin L, Brisse S, Ah-You N, Pruvost O (2009). Development of 14 minisatellite markers for the citrus canker bacterium, //Xanthomonas citri// pv. //citri//. Mol. Ecol. Resour. 9: 125-127. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x]]
  
 Catara V, Cubero J, Pothier JF, Bosis E, Bragard C, Đermić E, Holeva MC, Jacques MA, Petter F, Pruvost O, Robène I, Studholme DJ, Tavares F, Vicente JG, Koebnik R, Costa J (2021). Trends in molecular diagnosis and diversity studies for phytosanitary regulated //Xanthomonas//. Microorganisms 9: 862. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9040862|10.3390/microorganisms9040862]] Catara V, Cubero J, Pothier JF, Bosis E, Bragard C, Đermić E, Holeva MC, Jacques MA, Petter F, Pruvost O, Robène I, Studholme DJ, Tavares F, Vicente JG, Koebnik R, Costa J (2021). Trends in molecular diagnosis and diversity studies for phytosanitary regulated //Xanthomonas//. Microorganisms 9: 862. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9040862|10.3390/microorganisms9040862]]
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 Curland RD, Gao L, Hirsch CD, Ishimaru CA (2020). Localized genetic and phenotypic diversity of //Xanthomonas translucens// associated with bacterial leaf streak on wheat and barley in Minnesota. Phytopathology 110: 257-266. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|10.1094/PHYTO-04-19-0134-R]] Curland RD, Gao L, Hirsch CD, Ishimaru CA (2020). Localized genetic and phenotypic diversity of //Xanthomonas translucens// associated with bacterial leaf streak on wheat and barley in Minnesota. Phytopathology 110: 257-266. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|10.1094/PHYTO-04-19-0134-R]]
 +
 +De Oliveira LB, De Oliveira SAS, Moreira RFC, Diamantino MSAS, De Souza Ramos AP, Soares TL, Ferreira CF (2023). Genetic diversity of //Xanthomonas phaseoli// pv. //manihotis// populations using rep-PCR and VNTR molecular markers. Pesqui. Agropecu. Bras. 58: e03299. DOI: [[https://doi.org/10.1590/S1678-3921.pab2023.v58.03299|10.1590/S1678-3921.pab2023.v58.03299]]
  
 Dhakal U, Dobhal S, Alvarez AM, Arif M (2019). Phylogenetic analyses of xanthomonads causing bacterial leaf spot of tomato and pepper: //Xanthomonas euvesicatoria// revealed homologous populations despite distant geographical distribution. Microorganisms 7: 462. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms7100462|10.3390/microorganisms7100462]] Dhakal U, Dobhal S, Alvarez AM, Arif M (2019). Phylogenetic analyses of xanthomonads causing bacterial leaf spot of tomato and pepper: //Xanthomonas euvesicatoria// revealed homologous populations despite distant geographical distribution. Microorganisms 7: 462. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms7100462|10.3390/microorganisms7100462]]
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 Diallo A, Wonni I, Sicard A, Blondin L, Gagnevin L, Vernière C, Szurek B, Hutin M (2023). Genetic structure and TALome analysis highlight a high level of diversity in Burkinabe //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzae// populations. Rice (N Y) 16: 33. DOI: [[https://doi.org/10.1186/s12284-023-00648-x|10.1186/s12284-023-00648-x]] Diallo A, Wonni I, Sicard A, Blondin L, Gagnevin L, Vernière C, Szurek B, Hutin M (2023). Genetic structure and TALome analysis highlight a high level of diversity in Burkinabe //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzae// populations. Rice (N Y) 16: 33. DOI: [[https://doi.org/10.1186/s12284-023-00648-x|10.1186/s12284-023-00648-x]]
  
-Donahoo RS, Jones JB, Lacy GH, Stromberg VK, Norman DJ (2013). Genetic analyses of //Xanthomonas axonopodis// pv. dieffenbachiae strains reveal distinct phylogenetic groups. Phytopathology 103: 237-244. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|10.1094/PHYTO-08-12-0191-R]]+Donahoo RS, Jones JB, Lacy GH, Stromberg VK, Norman DJ (2013). Genetic analyses of //Xanthomonas axonopodis// pv. //dieffenbachiae// strains reveal distinct phylogenetic groups. Phytopathology 103: 237-244. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|10.1094/PHYTO-08-12-0191-R]]
  
 Dupas E, Durand K, Rieux A, Briand M, Pruvost O, Cunty A, Denancé N, Donnadieu C, Legendre B, Lopez-Roques C, Cesbron S, Ravigné V, Jacques MA (2023). Suspicions of two bridgehead invasions of //Xylella fastidiosa// subsp. //multiplex// in France. Commun. Biol. 6: 103. DOI: [[https://doi.org/10.1038/s42003-023-04499-6|10.1038/s42003-023-04499-6]] Dupas E, Durand K, Rieux A, Briand M, Pruvost O, Cunty A, Denancé N, Donnadieu C, Legendre B, Lopez-Roques C, Cesbron S, Ravigné V, Jacques MA (2023). Suspicions of two bridgehead invasions of //Xylella fastidiosa// subsp. //multiplex// in France. Commun. Biol. 6: 103. DOI: [[https://doi.org/10.1038/s42003-023-04499-6|10.1038/s42003-023-04499-6]]
  
-Escalon A, Javegny S, Vernière C, Noël LD, Vital K, Poussier S, Hajri A, Boureau T, Pruvost O, Arlat M, Gagnevin L (2013). Variations in type III effector repertoires, pathological phenotypes and host range of //Xanthomonas citri// pv. citri pathotypes. Mol. Plant Pathol. 14: 483-496. DOI: [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|10.1111/mpp.12019]]+Escalon A, Javegny S, Vernière C, Noël LD, Vital K, Poussier S, Hajri A, Boureau T, Pruvost O, Arlat M, Gagnevin L (2013). Variations in type III effector repertoires, pathological phenotypes and host range of //Xanthomonas citri// pv. //citri// pathotypes. Mol. Plant Pathol. 14: 483-496. DOI: [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|10.1111/mpp.12019]]
  
 Essakhi S, Cesbron S, Fischer-Le Saux M, Bonneau S, Jacques MA, Manceau C (2015). Phylogenetic and variable-number tandem-repeat analyses identify nonpathogenic //Xanthomonas arboricola// lineages lacking the canonical type III secretion system. Appl. Environ. Microbiol. 81: 5395-5410. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|10.1128/AEM.00835-15]] Essakhi S, Cesbron S, Fischer-Le Saux M, Bonneau S, Jacques MA, Manceau C (2015). Phylogenetic and variable-number tandem-repeat analyses identify nonpathogenic //Xanthomonas arboricola// lineages lacking the canonical type III secretion system. Appl. Environ. Microbiol. 81: 5395-5410. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|10.1128/AEM.00835-15]]
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 Fischer-Le Saux M, Bonneau S, Essakhi S, Manceau C, Jacques MA (2015). Aggressive emerging pathovars of //Xanthomonas arboricola// represent widespread epidemic clones distinct from poorly pathogenic strains, as revealed by multilocus sequence typing. Appl. Environ. Microbiol. 81: 4651-4668. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|10.1128/AEM.00050-15]] Fischer-Le Saux M, Bonneau S, Essakhi S, Manceau C, Jacques MA (2015). Aggressive emerging pathovars of //Xanthomonas arboricola// represent widespread epidemic clones distinct from poorly pathogenic strains, as revealed by multilocus sequence typing. Appl. Environ. Microbiol. 81: 4651-4668. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|10.1128/AEM.00050-15]]
  
-Gent DH, Al-Saadi A, Gabriel DW, Louws FJ, Ishimaru CA, Schwartz HF (2005). Pathogenic and genetic relatedness among //Xanthomonas axonopodis// pv. allii and other pathovars of X. axonopodis. Phytopathology 95: 918-925. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0918|10.1094/PHYTO-95-0918]]+Gent DH, Al-Saadi A, Gabriel DW, Louws FJ, Ishimaru CA, Schwartz HF (2005). Pathogenic and genetic relatedness among //Xanthomonas axonopodis// pv. //allii// and other pathovars of X. axonopodis. Phytopathology 95: 918-925. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0918|10.1094/PHYTO-95-0918]]
  
 Gent DH, Schwartz HF, Ishimaru CA, Louws FJ, Cramer RA, Lawrence CB (2004). Polyphasic characterization of //Xanthomonas// strains from onion. Phytopathology 94: 184-195. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.2.184|10.1094/PHYTO.2004.94.2.184]] Gent DH, Schwartz HF, Ishimaru CA, Louws FJ, Cramer RA, Lawrence CB (2004). Polyphasic characterization of //Xanthomonas// strains from onion. Phytopathology 94: 184-195. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.2.184|10.1094/PHYTO.2004.94.2.184]]
  
-George ML, Bustamam M, Cruz WT, Leach JE, Nelson RJ (1997). Movement of //Xanthomonas oryzae// pv. oryzae in Southeast Asia detected using PCR-based DNA fingerprinting. Phytopathology 87: 302-309. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|10.1094/PHYTO.1997.87.3.302]]+George ML, Bustamam M, Cruz WT, Leach JE, Nelson RJ (1997). Movement of //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzae// in Southeast Asia detected using PCR-based DNA fingerprinting. Phytopathology 87: 302-309. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|10.1094/PHYTO.1997.87.3.302]]
  
 Gétaz M, Krijger M, Rezzonico F, Smits THM, van der Wolf JM, Pothier JF (2018). Genome-based population structure analysis of the strawberry plant pathogen //Xanthomonas fragariae// reveals two distinct groups that evolved independently before its species description. Microb. Genom. 4: e000189. DOI: [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189|10.1099/mgen.0.000189]] Gétaz M, Krijger M, Rezzonico F, Smits THM, van der Wolf JM, Pothier JF (2018). Genome-based population structure analysis of the strawberry plant pathogen //Xanthomonas fragariae// reveals two distinct groups that evolved independently before its species description. Microb. Genom. 4: e000189. DOI: [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189|10.1099/mgen.0.000189]]
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 Hajri A, Brin C, Zhao S, David P, Feng JX, Koebnik R, Szurek B, Verdier V, Boureau T, Poussier S (2012). Multilocus sequence analysis and type III effector repertoire mining provide new insights into the evolutionary history and virulence of //Xanthomonas oryzae//. Mol. Plant Pathol. 13: 288-302. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x]] Hajri A, Brin C, Zhao S, David P, Feng JX, Koebnik R, Szurek B, Verdier V, Boureau T, Poussier S (2012). Multilocus sequence analysis and type III effector repertoire mining provide new insights into the evolutionary history and virulence of //Xanthomonas oryzae//. Mol. Plant Pathol. 13: 288-302. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x]]
  
-Hajri A, Meyer D, Delort F, Guillaumès J, Brin C, Manceau C (2010). Identification of a genetic lineage within //Xanthomonas arboricola// pv. juglandis as the causal agent of vertical oozing canker of Persian (English) walnut in France. Plant Pathol. 59: 1014-1022. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x]]+Hajri A, Meyer D, Delort F, Guillaumès J, Brin C, Manceau C (2010). Identification of a genetic lineage within //Xanthomonas arboricola// pv. //juglandis// as the causal agent of vertical oozing canker of Persian (English) walnut in France. Plant Pathol. 59: 1014-1022. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x]]
  
 Hamza AA, Robène-Soustrade I, Jouen E, Gagnevin L, Lefeuvre P, Chiroleu F, Pruvost O (2010). Genetic and pathological diversity among //Xanthomonas// strains responsible for bacterial spot on tomato and pepper in the Southwest Indian Ocean Region. Plant Dis. 94: 993-999. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|10.1094/PDIS-94-8-0993]] Hamza AA, Robène-Soustrade I, Jouen E, Gagnevin L, Lefeuvre P, Chiroleu F, Pruvost O (2010). Genetic and pathological diversity among //Xanthomonas// strains responsible for bacterial spot on tomato and pepper in the Southwest Indian Ocean Region. Plant Dis. 94: 993-999. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|10.1094/PDIS-94-8-0993]]
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 Jacques MA, Denancé N, Legendre B, Morel E, Briand M, Mississipi S, Durand K, Olivier V, Portier P, Poliakoff F, Crouzillat D (2015). New coffee plant-infecting //Xylella fastidiosa// variants derived via homologous recombination. Appl. Environ. Microbiol. 82: 1556-1568. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|10.1128/AEM.03299-15]] Jacques MA, Denancé N, Legendre B, Morel E, Briand M, Mississipi S, Durand K, Olivier V, Portier P, Poliakoff F, Crouzillat D (2015). New coffee plant-infecting //Xylella fastidiosa// variants derived via homologous recombination. Appl. Environ. Microbiol. 82: 1556-1568. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|10.1128/AEM.03299-15]]
  
-Jeong K, Muñoz-Bodnar A, Arias Rojas N, Poulin L, Rodriguez-R LM, Gagnevin L, Vernière C, Pruvost O, Koebnik R (2019). CRISPR elements provide a new framework for the genealogy of the citrus canker pathogen //Xanthomonas citri// pv. citri. BMC Genomics 20: 917. DOI: [[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|10.1186/s12864-019-6267-z]]+Jeong K, Muñoz-Bodnar A, Arias Rojas N, Poulin L, Rodriguez-R LM, Gagnevin L, Vernière C, Pruvost O, Koebnik R (2019). CRISPR elements provide a new framework for the genealogy of the citrus canker pathogen //Xanthomonas citri// pv. //citri//. BMC Genomics 20: 917. DOI: [[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|10.1186/s12864-019-6267-z]]
  
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 Khojasteh M, Taghavi SM, Khodaygan P, Hamzehzarghani H, Chen G, Bragard C, Koebnik R, Osdaghi E (2019). Molecular typing reveals high genetic diversity of //Xanthomonas translucens// strains infecting small-grain cereals in Iran. Appl. Environ. Microbiol. 85: e01518-19. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|10.1128/AEM.01518-19]] Khojasteh M, Taghavi SM, Khodaygan P, Hamzehzarghani H, Chen G, Bragard C, Koebnik R, Osdaghi E (2019). Molecular typing reveals high genetic diversity of //Xanthomonas translucens// strains infecting small-grain cereals in Iran. Appl. Environ. Microbiol. 85: e01518-19. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|10.1128/AEM.01518-19]]
  
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 Landa BB, Castillo AI, Giampetruzzi A, Kahn A, Román-Écija M, Velasco-Amo MP, Navas-Cortés JA, Marco-Noales E, Barbé S, Moralejo E, Coletta-Filho HD, Saldarelli P, Saponari M, Almeida RPP (2020). Emergence of a plant pathogen in Europe associated with multiple intercontinental introductions. Appl. Environ. Microbiol. 86: e01521-19. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.01521-19|10.1128/AEM.01521-19]] Landa BB, Castillo AI, Giampetruzzi A, Kahn A, Román-Écija M, Velasco-Amo MP, Navas-Cortés JA, Marco-Noales E, Barbé S, Moralejo E, Coletta-Filho HD, Saldarelli P, Saponari M, Almeida RPP (2020). Emergence of a plant pathogen in Europe associated with multiple intercontinental introductions. Appl. Environ. Microbiol. 86: e01521-19. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.01521-19|10.1128/AEM.01521-19]]
  
-Leduc A, Traoré YN, Boyer K, Magne M, Grygiel P, Juhasz CC, Boyer C, Guerin F, Wonni I, Ouedraogo L, Vernière C, Ravigné V, Pruvost O (2015). Bridgehead invasion of a monomorphic plant pathogenic bacterium: //Xanthomonas citri// pv. citri, an emerging citrus pathogen in Mali and Burkina Faso. Environ. Microbiol. 17: 4429-4442. DOI: [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|10.1111/1462-2920.12876]]+Leduc A, Traoré YN, Boyer K, Magne M, Grygiel P, Juhasz CC, Boyer C, Guerin F, Wonni I, Ouedraogo L, Vernière C, Ravigné V, Pruvost O (2015). Bridgehead invasion of a monomorphic plant pathogenic bacterium: //Xanthomonas citri// pv.// citri//, an emerging citrus pathogen in Mali and Burkina Faso. Environ. Microbiol. 17: 4429-4442. DOI: [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|10.1111/1462-2920.12876]]
  
-Loreti S, Gallelli A, Belisario A, Wajnberg E, Corazza L (2001). Investigation of genomic variability of //Xanthomonas arboricola// pv. juglandis by AFLP analysis. Eur. J. Plant Pathol. 107: 583-591. DOI:[[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|10.1023/A:1017951406237]]+Loreti S, Gallelli A, Belisario A, Wajnberg E, Corazza L (2001). Investigation of genomic variability of //Xanthomonas arboricola// pv. //juglandis// by AFLP analysis. Eur. J. Plant Pathol. 107: 583-591. DOI:[[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|10.1023/A:1017951406237]]
  
 Marcelletti S, Scortichini M (2016). Genome-wide comparison and taxonomic relatedness of multiple //Xylella fastidiosa// strains reveal the occurrence of three subspecies and a new //Xylella// species. Arch. Microbiol. 198: 803-812. doi: [[https://doi.org/10.1007/s00203-016-1245-1|10.1007/s00203-016-1245-1]] Marcelletti S, Scortichini M (2016). Genome-wide comparison and taxonomic relatedness of multiple //Xylella fastidiosa// strains reveal the occurrence of three subspecies and a new //Xylella// species. Arch. Microbiol. 198: 803-812. doi: [[https://doi.org/10.1007/s00203-016-1245-1|10.1007/s00203-016-1245-1]]
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 Mazzaglia A, Rahi YJ, Taratufolo MC, Tatì M, Turco S, Ciarroni S, Tagliavento V, Valentini F, D'Onghia AM, Balestra GM (2020). A new inclusive MLVA assay to investigate genetic variability of //Xylella fastidiosa// with a specific focus on the Apulian outbreak in Italy. Sci. Rep. 10: 10856. DOI: [[https://doi.org/10.1038/s41598-020-68072-5|10.1038/s41598-020-68072-5]] Mazzaglia A, Rahi YJ, Taratufolo MC, Tatì M, Turco S, Ciarroni S, Tagliavento V, Valentini F, D'Onghia AM, Balestra GM (2020). A new inclusive MLVA assay to investigate genetic variability of //Xylella fastidiosa// with a specific focus on the Apulian outbreak in Italy. Sci. Rep. 10: 10856. DOI: [[https://doi.org/10.1038/s41598-020-68072-5|10.1038/s41598-020-68072-5]]
  
-Mhedbi-Hajri N, Hajri A, Boureau T, Darrasse A, Durand K, Brin C, Fischer-Le Saux M, Manceau C, Poussier S, Pruvost O, Lemaire C, Jacques MA (2013). Evolutionary history of the plant pathogenic bacterium //Xanthomonas axonopodi//s. PLoS One 8: e58474. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|10.1371/journal.pone.0058474]]+Mhedbi-Hajri N, Hajri A, Boureau T, Darrasse A, Durand K, Brin C, Fischer-Le Saux M, Manceau C, Poussier S, Pruvost O, Lemaire C, Jacques MA (2013). Evolutionary history of the plant pathogenic bacterium //Xanthomonas axonopodis//. PLoS One 8: e58474. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|10.1371/journal.pone.0058474]]
  
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 Parker JK, Havird JC, De La Fuente L (2012). Differentiation of //Xylella fastidiosa// strains via multilocus sequence analysis of environmentally mediated genes (MLSA-E). Appl. Environ. Microbiol. 78: 1385-1396. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.06679-11|10.1128/AEM.06679-11]] Parker JK, Havird JC, De La Fuente L (2012). Differentiation of //Xylella fastidiosa// strains via multilocus sequence analysis of environmentally mediated genes (MLSA-E). Appl. Environ. Microbiol. 78: 1385-1396. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.06679-11|10.1128/AEM.06679-11]]
  
-Picard Y, Roumagnac P, Legrand D, Humeau L, Robène-Soustrade I, Chiroleu F, Gagnevin L, Pruvost O (2008). Polyphasic characterization of// Xanthomonas axonopodis// pv. allii associated with outbreaks of bacterial blight on three //Allium// species in the Mascarene archipelago. Phytopathology 98: 919-925. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-8-0919|10.1094/PHYTO-98-8-0919]]+Picard Y, Roumagnac P, Legrand D, Humeau L, Robène-Soustrade I, Chiroleu F, Gagnevin L, Pruvost O (2008). Polyphasic characterization of// Xanthomonas axonopodis// pv. //allii// associated with outbreaks of bacterial blight on three //Allium// species in the Mascarene archipelago. Phytopathology 98: 919-925. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-8-0919|10.1094/PHYTO-98-8-0919]]
  
 Pooler MR, Ritchie DF, Hartung JS (1996). Genetic relationships among strains of //Xanthomonas fragariae// based on random amplified polymorphic DNA PCR, repetitive extragenic palindromic PCR, and enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR data and generation of multiplexed PCR primers useful for the identification of this phytopathogen. Appl. Environ. Microbiol. 62: 3121-3127. DOI: [[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996]] Pooler MR, Ritchie DF, Hartung JS (1996). Genetic relationships among strains of //Xanthomonas fragariae// based on random amplified polymorphic DNA PCR, repetitive extragenic palindromic PCR, and enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR data and generation of multiplexed PCR primers useful for the identification of this phytopathogen. Appl. Environ. Microbiol. 62: 3121-3127. DOI: [[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996]]
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 Poulin L, Grygiel P, Magne M, Gagnevin L, Rodriguez-R LM, Forero Serna N, Zhao S, El Rafii M, Dao S, Tekete C, Wonni I, Koita O, Pruvost O, Verdier V, Vernière C, Koebnik R (2015). New multilocus variable-number tandem-repeat analysis tool for surveillance and local epidemiology of bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice caused by //Xanthomonas oryzae//. Appl. Environ. Microbiol. 81: 688-698. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|10.1128/AEM.02768-14]] Poulin L, Grygiel P, Magne M, Gagnevin L, Rodriguez-R LM, Forero Serna N, Zhao S, El Rafii M, Dao S, Tekete C, Wonni I, Koita O, Pruvost O, Verdier V, Vernière C, Koebnik R (2015). New multilocus variable-number tandem-repeat analysis tool for surveillance and local epidemiology of bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice caused by //Xanthomonas oryzae//. Appl. Environ. Microbiol. 81: 688-698. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|10.1128/AEM.02768-14]]
  
-Pruvost O, Boyer K, Ravigné V, Richard D, Vernière C (2019). Deciphering how plant pathogenic bacteria disperse and meet: Molecular epidemiology of //Xanthomonas citri// pv. citri at microgeographic scales in a tropical area of Asiatic citrus canker endemicity. Evol. Appl. 12: 1523-1538. DOI: [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|10.1111/eva.12788]]+Pruvost O, Boyer K, Ravigné V, Richard D, Vernière C (2019). Deciphering how plant pathogenic bacteria disperse and meet: Molecular epidemiology of //Xanthomonas citri// pv. //citri// at microgeographic scales in a tropical area of Asiatic citrus canker endemicity. Evol. Appl. 12: 1523-1538. DOI: [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|10.1111/eva.12788]]
  
 Pruvost O, Ibrahim YE, Sharafaddin AH, Boyer K, Widyawan A, Al-Saleh MA (2022). Molecular epidemiology of the citrus bacterial pathogen //Xanthomonas citri// pv. //citri// from the Arabian Peninsula reveals a complex structure of specialist and generalist strains. Evol. Appl. 15: 1423-1435. DOI: [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|10.1111/eva.13451]] Pruvost O, Ibrahim YE, Sharafaddin AH, Boyer K, Widyawan A, Al-Saleh MA (2022). Molecular epidemiology of the citrus bacterial pathogen //Xanthomonas citri// pv. //citri// from the Arabian Peninsula reveals a complex structure of specialist and generalist strains. Evol. Appl. 15: 1423-1435. DOI: [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|10.1111/eva.13451]]
  
-Pruvost O, Magne M, Boyer K, Leduc A, Tourterel C, Drevet C, Ravigné V, Gagnevin L, Guérin F, Chiroleu F, Koebnik R, Verdier V, Vernière C (2014). A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen //Xanthomonas citri// pv. citri suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. PLoS One 9: e98129. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|10.1371/journal.pone.0098129]]+Pruvost O, Magne M, Boyer K, Leduc A, Tourterel C, Drevet C, Ravigné V, Gagnevin L, Guérin F, Chiroleu F, Koebnik R, Verdier V, Vernière C (2014). A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen //Xanthomonas citri// pv. //citri// suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. PLoS One 9: e98129. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|10.1371/journal.pone.0098129]]
  
-Pruvost O, Richard D, Boyer K, Javegny S, Boyer C, Chiroleu F, Grygiel P, Parvedy E, Robène I, Maillot-Lebon V, Hamza A, Lobin KK, Naiken M, Vernière C (2021). Diversity and geographical structure of //Xanthomonas citri// pv. citri on Citrus in the South West Indian Ocean Region. Microorganisms 9: 945. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|10.3390/microorganisms9050945]]+Pruvost O, Richard D, Boyer K, Javegny S, Boyer C, Chiroleu F, Grygiel P, Parvedy E, Robène I, Maillot-Lebon V, Hamza A, Lobin KK, Naiken M, Vernière C (2021). Diversity and geographical structure of //Xanthomonas citri// pv. //citri// on Citrus in the South West Indian Ocean Region. Microorganisms 9: 945. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|10.3390/microorganisms9050945]]
  
 Rache L, Blondin L, Diaz Tatis P, Flores C, Camargo A, Kante M, Wonni I, López C, Szurek B, Dupas S, Pruvost O, Koebnik R, Restrepo S, Bernal A, Vernière C (2023). A minisatellite-based MLVA for deciphering the global epidemiology of the bacterial cassava pathogen //Xanthomonas phaseoli// pv. //manihotis//. PLoS One 18: e0285491. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0285491|10.1371/journal.pone.0285491]] Rache L, Blondin L, Diaz Tatis P, Flores C, Camargo A, Kante M, Wonni I, López C, Szurek B, Dupas S, Pruvost O, Koebnik R, Restrepo S, Bernal A, Vernière C (2023). A minisatellite-based MLVA for deciphering the global epidemiology of the bacterial cassava pathogen //Xanthomonas phaseoli// pv. //manihotis//. PLoS One 18: e0285491. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0285491|10.1371/journal.pone.0285491]]
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 Rockey W, Potnis N, Timilsina S, Hong JC, Vallad GE, Jones JB, Norman DJ (2015). Multilocus sequence analysis reveals genetic diversity in xanthomonads associated with poinsettia production. Plant Dis. 99: 874-882. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|10.1094/PDIS-08-14-0867-RE]] Rockey W, Potnis N, Timilsina S, Hong JC, Vallad GE, Jones JB, Norman DJ (2015). Multilocus sequence analysis reveals genetic diversity in xanthomonads associated with poinsettia production. Plant Dis. 99: 874-882. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|10.1094/PDIS-08-14-0867-RE]]
  
-Sakthivel K, Kumar A, Gautam RK, Manigundan K, Laha GS, Velazhahan R, Singh R, Yadav IS (2021). Intra-regional diversity of rice bacterial blight pathogen, //Xanthomonas oryzae// pv. oryzae, in the Andaman Islands, India: revelation by pathotyping and multilocus sequence typing. J. Appl. Microbiol. 130: 1259-1272. DOI: [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|10.1111/jam.14813]]+Sakthivel K, Kumar A, Gautam RK, Manigundan K, Laha GS, Velazhahan R, Singh R, Yadav IS (2021). Intra-regional diversity of rice bacterial blight pathogen, //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzae//, in the Andaman Islands, India: revelation by pathotyping and multilocus sequence typing. J. Appl. Microbiol. 130: 1259-1272. DOI: [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|10.1111/jam.14813]]
  
 Scally M, Schuenzel EL, Stouthamer R, Nunney L (2005). Multilocus sequence type system for the plant pathogen //Xylella fastidiosa// and relative contributions of recombination and point mutation to clonal diversity. Appl. Environ. Microbiol. 71: 8491-8499. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8491-8499.2005|10.1128/AEM.71.12.8491-8499.2005]] Scally M, Schuenzel EL, Stouthamer R, Nunney L (2005). Multilocus sequence type system for the plant pathogen //Xylella fastidiosa// and relative contributions of recombination and point mutation to clonal diversity. Appl. Environ. Microbiol. 71: 8491-8499. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8491-8499.2005|10.1128/AEM.71.12.8491-8499.2005]]
  
-Scortichini M, Marchesi U, Di Prospero P (2001). Genetic diversity of //Xanthomonas arboricola// pv. juglandis (synonyms: //X. campestris// pv. juglandis; //X. juglandis// pv. juglandis) strains from different geographical areas shown by repetitive polymerase chain reaction genomic fingerprinting. J. Phytopathol. 149: 325-332. DOI: [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x]]+Scortichini M, Marchesi U, Di Prospero P (2001). Genetic diversity of //Xanthomonas arboricola// pv. //juglandis// (synonyms: //X. campestris// pv. //juglandis//; //X. juglandis// pv. //juglandis//) strains from different geographical areas shown by repetitive polymerase chain reaction genomic fingerprinting. J. Phytopathol. 149: 325-332. DOI: [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x]]
  
 Siddique F, Xiaofeng X, Zhe N, Mingxiu Y, Dawei L, Yuting L, Naibo Y, Younis H, Niaz N, Junhua Z (2025). Genetic diversity and population structure of phyllosphere-associated //Xanthomonas euvesicatoria// bacteria in //Physalis pubescens// based on BOX-PCR and ERIC-PCR in China. Plant Pathol. J. 41: 64-77. DOI: [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.09.2024.0138|10.5423/PPJ.OA.09.2024.0138]] Siddique F, Xiaofeng X, Zhe N, Mingxiu Y, Dawei L, Yuting L, Naibo Y, Younis H, Niaz N, Junhua Z (2025). Genetic diversity and population structure of phyllosphere-associated //Xanthomonas euvesicatoria// bacteria in //Physalis pubescens// based on BOX-PCR and ERIC-PCR in China. Plant Pathol. J. 41: 64-77. DOI: [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.09.2024.0138|10.5423/PPJ.OA.09.2024.0138]]
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 Wei F, Liang X, Shi JC, Luo J, Qiu LJ, Li XX, Lu LJ, Wen Y, Feng J (2023). Pan-genomic analysis identifies the Chinese strain as a new subspecies of //Xanthomonas fragariae//. Plant Dis. 108: 45-49. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0933-SC|10.1094/PDIS-05-23-0933-SC]] Wei F, Liang X, Shi JC, Luo J, Qiu LJ, Li XX, Lu LJ, Wen Y, Feng J (2023). Pan-genomic analysis identifies the Chinese strain as a new subspecies of //Xanthomonas fragariae//. Plant Dis. 108: 45-49. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0933-SC|10.1094/PDIS-05-23-0933-SC]]
  
-Wonni I, Cottyn B, Detemmerman L, Dao S, Ouedraogo L, Sarra S, Tekete C, Poussier S, Corral R, Triplett L, Koita O, Koebnik R, Leach J, Szurek B, Maes M, Verdier V (2014). Analysis of //Xanthomonas oryzae// pv. oryzicola population in Mali and Burkina Faso reveals a high level of genetic and pathogenic diversity. Phytopathology 104: 520-531. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|10.1094/PHYTO-07-13-0213-R]]+Wonni I, Cottyn B, Detemmerman L, Dao S, Ouedraogo L, Sarra S, Tekete C, Poussier S, Corral R, Triplett L, Koita O, Koebnik R, Leach J, Szurek B, Maes M, Verdier V (2014). Analysis of //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzicola// population in Mali and Burkina Faso reveals a high level of genetic and pathogenic diversity. Phytopathology 104: 520-531. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|10.1094/PHYTO-07-13-0213-R]]
  
 Yuan X, Morano L, Bromley R, Spring-Pearson S, Stouthamer R, Nunney L (2010). Multilocus sequence typing of //Xylella fastidiosa// causing Pierce's disease and oleander leaf scorch in the United States. Phytopathology 100: 601-611. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-100-6-0601|10.1094/PHYTO-100-6-0601]] Yuan X, Morano L, Bromley R, Spring-Pearson S, Stouthamer R, Nunney L (2010). Multilocus sequence typing of //Xylella fastidiosa// causing Pierce's disease and oleander leaf scorch in the United States. Phytopathology 100: 601-611. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-100-6-0601|10.1094/PHYTO-100-6-0601]]
  
-Zhao S, Poulin L, Rodriguez-R LM, Serna NF, Liu SY, Wonni I, Szurek B, Verdier V, Leach JE, He YQ, Feng JX, Koebnik R (2012). Development of a variable number of tandem repeats typing scheme for the bacterial rice pathogen //Xanthomonas oryzae// pv. oryzicola. Phytopathology 102: 948-956. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|10.1094/PHYTO-04-12-0078-R]]+Zhao S, Poulin L, Rodriguez-R LM, Serna NF, Liu SY, Wonni I, Szurek B, Verdier V, Leach JE, He YQ, Feng JX, Koebnik R (2012). Development of a variable number of tandem repeats typing scheme for the bacterial rice pathogen //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzicola//. Phytopathology 102: 948-956. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|10.1094/PHYTO-04-12-0078-R]]
  
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