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--- typing:molecular_typing [2025/02/13 15:06] – [Further reading] rkoebnik
+++ typing:molecular_typing [2025/02/14 17:19] (current) – [Table] rkoebnik
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 This data is based on the review by [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9040862|Catara et al. (2021]]), focused on the molecular methods for diagnosis, detection, and studies on the diversity of plant pathogenic //Xanthomonas//, concentrating especially on regulated pathogens in the European Union published as a collective effort of the [[https://euroxanth.eu/management/wg1|Working Group 1]] 'Diagnostics & Diversity–Population Structure' from the [[https://euroxanth.eu|EuroXanth]] COST Action CA16107.
-**Tools for molecular typing of regulated Xanthomonas**
+**Tools for molecular typing of regulated xanthomonads and beyond**
-^  Pathogen  ^  Fingerprints  ^  VNTR/MLVA  ^  CRISPR  ^  MLSA/MLST  |
+^  Pathogen                                                       ^  Fingerprints                                                                                                                                                                                                                                                                                           ^  VNTR/MLVA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ^  CRISPR                                                                                                                                                                                                                                                       ^  MLSA/MLST                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ^
-|**A1 list** |||||
+| **A1 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |||||
-|//X. citri// pv. //aurantifolii//   |  NA<sup>1</sup>     |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] |
+| //X. citri// pv. //aurantifolii//                               |  NA<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                         |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
-|//X. citri// pv. //citri//   |[[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|Escalon (2013)]] |[[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|Bui Thi Ngoc (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12369|Vernière (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|Pruvost (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|Leduc (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mec.14007|Richard (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|Pruvost (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|Pruvost (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|Pruvost (2022)]] |[[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|Jeong (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|Bellander (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.13729|Ibrahim (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1093/femsle/fnae005|Martins (2024)]] |[[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0490-R|Okoh (2024)]] |
+| //X. citri// pv. //citri//                                      | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|Escalon (2013)]]                                                                                                                                                                                | [[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|Bui Thi Ngoc (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12369|Vernière (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|Pruvost (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|Leduc (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mec.14007|Richard (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|Pruvost (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|Pruvost (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|Pruvost (2022)]]  | [[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|Jeong (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|Bellander (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.13729|Ibrahim (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1093/femsle/fnae005|Martins (2024)]]  | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0490-R|Okoh (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |
-|//X. euvesicatoria// pv. //allii//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.2.184|Gent (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0918|Gent (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-1345|Humeau (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-8-0919|Picard(2008)]] |[[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] |
+| //X. euvesicatoria// pv. //allii//                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.2.184|Gent (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0918|Gent (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-1345|Humeau (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-8-0919|Picard(2008)]]                                                       | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
-|//X. oryzae// pv. //oryzae//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|George (1997)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]] , \\  [[https://doi.org/10.1186/s12284-023-00648-x|Diallo (2023)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|Wonni (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|Sakthivel (2021)]] |
+| //X. oryzae// pv. //oryzae//                                    | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|George (1997)]]                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]] , \\  [[https://doi.org/10.1186/s12284-023-00648-x|Diallo (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|Wonni (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|Sakthivel (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |
-|//X. oryzae// pv. //oryzicola//   |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]] |
+| //X. oryzae// pv. //oryzicola//                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |
-|**A2 list** |||||
+| **A2 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |||||
-|//X. arboricola// pv. //corylina//   |  NA  |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]] |
+| //X. arboricola// pv. //corylina//                              |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      |
-|//X. arboricola// pv. //juglandis//   |[[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|Loreti (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|Hajri (2010)]] |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]] |
+| //X. arboricola// pv. //juglandis//                             | [[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|Loreti (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|Hajri (2010)]]                                                                                           | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      |
-|//X. arboricola// pv. //pruni//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]] |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]] |
+| //X. arboricola// pv. //pruni//                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]]                                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00050-15|Fischer-Le Saux (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
-|//X. axonopodis// pv. //poinsettiicola//   |  NA  |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|Rockey (2015)]] |
+| //X. axonopodis// pv. //poinsettiicola//                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|Rockey (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      |
-|//X. euvesicatoria// pv. //euvesicatoria//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |[[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]] |
+| //X. euvesicatoria// pv. //euvesicatoria//                      | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bjm.2017.08.011|Vancheva (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.09.2024.0138|Siddique (2025)]]                                       | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
-|//X. euvesicatoria// pv. //perforans//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |[[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]] |
+| //X. euvesicatoria// pv. //perforans//                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |
-|//X. fragariae//   |[[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|Pooler (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.3961-3965.1998|Roberts (1998)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0933-SC|Wei (2023)]] |
+| //X. fragariae//                                                | [[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|Pooler (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.3961-3965.1998|Roberts (1998)]]                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0933-SC|Wei (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |
-|//X. hortorum// pv. //gardneri//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]] |
+| //X. hortorum// pv. //gardneri//                                | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |
-|//X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS.2004.88.9.980|Khoodoo (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|Donahoo (2013)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] |
+| //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS.2004.88.9.980|Khoodoo (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|Donahoo (2013)]]                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
-|//X. phaseoli// pv. //phaseoli//, //X. citri// pv. //fuscans//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.6.593|Mkandawire (2004)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] |
+| //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, //X. citri// pv. //fuscans//  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.6.593|Mkandawire (2004)]]                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
-|//X. translucens// pv. //translucens//   |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|Bragard (1997)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-0876|Rademaker (2006)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-17-0271-R|Curland (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|Khojasteh (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|Curland (2020]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]] |
+| //X. translucens// pv. //translucens//                          | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|Bragard (1997)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-0876|Rademaker (2006)]]                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-17-0271-R|Curland (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|Khojasteh (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|Curland (2020]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |
-|//X. vesicatoria//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]] |
+| //X. vesicatoria//                                              | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bjm.2017.08.011|Vancheva (2018)]]                                                                                                            |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03000-14|Timilsina (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |
-|//Xylella fastidiosa//   |[[https://doi.org/10.1128/AEM.67.9.4091-4095.2001|Coletta-Filho (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.8.3731-3736.2002|Coletta-Filho (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2003.93.1.28|Coletta-Filho (2003)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-10-1338|Montero-Astúa (2007)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.67.9.4091-4095.2001|Coletta-Filho (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.8.3731-3736.2002|Coletta-Filho (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2003.93.1.28|Coletta-Filho (2003)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-10-1338|Montero-Astúa (2007)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s41598-020-68072-5|Mazzaglia (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s42003-023-04499-6|Dupas (2023)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8491-8499.2005|Scally (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02388-07|Almeida (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-100-6-0601|Yuan (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.06679-11|De La Fuente (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01126-12|Nunney (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03208-12|Nunney (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02920-13|Nunney (2014a)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112463|Nunney (2014b)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00203-016-1245-1|Marcelletti (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-09-16-0321-R|Coletta-Filho (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01521-19|Landa (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/aem.02356-21|Kahn (2022)]] |
+| //Xylella fastidiosa//                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.67.9.4091-4095.2001|Coletta-Filho (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.8.3731-3736.2002|Coletta-Filho (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2003.93.1.28|Coletta-Filho (2003)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-10-1338|Montero-Astúa (2007)]]  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.67.9.4091-4095.2001|Coletta-Filho (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.8.3731-3736.2002|Coletta-Filho (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2003.93.1.28|Coletta-Filho (2003)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-10-1338|Montero-Astúa (2007)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s41598-020-68072-5|Mazzaglia (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1038/s42003-023-04499-6|Dupas (2023)]]                                                                                      |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8491-8499.2005|Scally (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02388-07|Almeida (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-100-6-0601|Yuan (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.06679-11|Parker (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01126-12|Nunney (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03208-12|Nunney (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02920-13|Nunney (2014a)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112463|Nunney (2014b)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00203-016-1245-1|Marcelletti (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-09-16-0321-R|Coletta-Filho (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01521-19|Landa (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/aem.02356-21|Kahn (2022)]]  |
+| **Other**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |||||
+| //X. phaseoli// pv. //manihotis//                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0079704|Arrieta-Ortiz (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-14-161|Trujillo (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-18-0210-R|Rache (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0285491|Rache (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |
 <sup>1</sup>  NA: not available.
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