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 ====== Taxonomy and Diversity of Xanthomonads ======
-This data is based on the review by [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9040862|Catara (2021]]), focused on the molecular methods for diagnosis, detection, and studies on the diversity of plant pathogenic //Xanthomonas//, concentrating especially on regulated pathogens in the European Union published as a collective effort of the [[https://euroxanth.eu/management/wg1|Working Group 1]] 'Diagnostics & Diversity–Population Structure' from the [[https://euroxanth.eu|EuroXanth]] COST Action CA16107.
+This data is based on the review by [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9040862|Catara et al. (2021]]), focused on the molecular methods for diagnosis, detection, and studies on the diversity of plant pathogenic //Xanthomonas//, concentrating especially on regulated pathogens in the European Union published as a collective effort of the [[https://euroxanth.eu/management/wg1|Working Group 1]] 'Diagnostics & Diversity–Population Structure' from the [[https://euroxanth.eu|EuroXanth]] COST Action CA16107.
 **Tools for molecular typing of regulated Xanthomonas**
-^  Pathogen                                                       ^  Fingerprints                                                                                                                                                                                                                                      ^  VNTR/MLVA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ^  CRISPR                                                           ^  MLSA/MLST                                                                                                                                                                                                                                                                  ^
+^  Pathogen  ^  Fingerprints  ^  VNTR/MLVA  ^  CRISPR  ^  MLSA/MLST  |
-| **A1 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |||||
+|**A1 list** |||||
-| //X//. //citri// pv. aurantifolii                               |  NA<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                    |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        |
+|//X//. //citri// pv. aurantifolii  |  NA<sup>1</sup>     |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] |
-| //X//. //citri// pv. citri                                      | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|Escalon (2013)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|Bui Thi Ngoc (2009)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12369|Vernière (2014)]], \\ [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|Pruvost (2015)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|Leduc (2015)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/mec.14007|Richard (2017)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|Pruvost (2019)]], \\ [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|Pruvost (2021)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|Pruvost (2022)]]  | [[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|Jeong (2019)]]        | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                    |
+|//X//. //citri// pv. citri  |[[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|Escalon (2013)]] |[[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|Bui Thi Ngoc (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12369|Vernière (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|Pruvost (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|Leduc (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mec.14007|Richard (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|Pruvost (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|Pruvost (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|Pruvost (2022)]] |[[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|Jeong (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|Bellander (2022)]] |[[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0490-R|Okoh (2024)]] |
-| //X//. //euvesicatoria// pv. allii                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.2.184|Gent (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0918|Gent (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-1345|Humeau (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-8-0919|Picard(2008)]]  | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        |
+|//X//. //euvesicatoria// pv. allii  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.2.184|Gent (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0918|Gent (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-1345|Humeau (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-8-0919|Picard(2008)]] |[[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] |
-| //X//. //oryzae// pv. oryzae                                    | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|George (1997)]]                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|Wonni (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|Sakthivel (2021)]]                                                                              |
+|//X//. //oryzae// pv. oryzae  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|George (1997)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]] , \\  [[https://doi.org/10.1186/s12284-023-00648-x|Diallo (2023)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|Wonni (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|Sakthivel (2021)]] |
-| //X//. //oryzae// pv. oryzicola                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]]                                                                                                                                           |
+|//X//. //oryzae// pv. oryzicola  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]] |
-| **A2 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |||||
+|**A2 list** |||||
-| //X//. //arboricola// pv. corylina                              |  NA                                                                                                                                                                                                                                                | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                     |
+|//X//. //arboricola// pv. corylina  |  NA  |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |
-| //X//. //arboricola// pv. juglandis                             | [[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|Loreti (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|Hajri (2010)]]                                      | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                     |
+|//X//. //arboricola// pv. juglandis  |[[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|Loreti (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|Hajri (2010)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |
-| //X//. //arboricola// pv. pruni                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]]                                                                                                                                                                                            | [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                        |
+|//X//. //arboricola// pv. pruni  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]] |[[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]] |
-| //X//. //axonopodis// pv. poinsettiicola                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|Rockey (2015)]]                                                                                                                                                                                                                |
+|//X//. //axonopodis// pv. poinsettiicola  |  NA  |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|Rockey (2015)]] |
-| //X//. //euvesicatoria// pv. euvesicatoria                      | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]  |
+|//X//. //euvesicatoria// pv. euvesicatoria  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |[[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]] |
-| //X//. //euvesicatoria// pv. perforans                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                   |
+|//X//. //euvesicatoria// pv. perforans  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |[[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |
-| //X//. //fragariae//                                            | [[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|Pooler (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.3961-3965.1998|Roberts (1998)]]                                                                                                         | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]  | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                                            |
+|//X//. //fragariae//   |[[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|Pooler (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.3961-3965.1998|Roberts (1998)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]] |[[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0933-SC|Wei (2023)]] |
-| //X//. //hortorum// pv. gardneri                                | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                   |
+|//X//. //hortorum// pv. gardneri  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |
-| //X//. //phaseoli// pv. dieffenbachiae                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS.2004.88.9.980|Khoodoo (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|Donahoo (2013)]]                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        |
+|//X//. //phaseoli// pv. dieffenbachiae  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS.2004.88.9.980|Khoodoo (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|Donahoo (2013)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] |
-| //X//. //phaseoli// pv. phaseoli, //X//. //citri// pv. fuscans  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.6.593|Mkandawire (2004)]]                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        |
+|//X//. //phaseoli// pv. phaseoli, //X//. //citri// pv. fuscans  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.6.593|Mkandawire (2004)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]] |
-| //X//. //translucens// pv. translucens                          | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|Bragard (1997)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-0876|Rademaker (2006)]]                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-17-0271-R|Curland (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|Khojasteh (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|Curland (2020]]                                                                              |
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+|//X//. //vesicatoria//   |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]] |  NA  |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]] |
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