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diagnostics:dna_protocols [2026/08/31 15:21] – [Table] rkoebnikdiagnostics:dna_protocols [2026/09/28 14:58] (current) – [Table] rkoebnik
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 **Main protocols described for regulated xanthomonads and beyond based on amplification of specific target DNAs.** **Main protocols described for regulated xanthomonads and beyond based on amplification of specific target DNAs.**
  
-^  Disease                                                                                                                                                             ^  Bacteria                                                                                                                  ^  Conventional PCR                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ^  qPCR<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ^  IA<sup>2</sup>    Methods                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ^ +^  Disease                                                                                                                                                             ^  Bacteria                                                                                                                  ^  Conventional PCR                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ^  qPCR<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ^  IA<sup>2</sup>    Methods                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ^ 
-| Onion bacterial blight                                                                                                                                               | //X. euvesicatoria// pv. //alli//                                                                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA<sup>3</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | +| Onion bacterial blight                                                                                                                                               | //X. euvesicatoria// pv. //alli//                                                                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA<sup>3</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | 
-| Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI|Hill (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                 | +| Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                                       | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI|Hill (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                 | 
-| Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]                                                                             | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                | +| Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]                                                                             | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                | 
-| Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1021/acs.jafc.5c04360|Fei (2025)]]                                                                                                     | +| Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232115|Bangratz (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2026.103462|Pandey (2026)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1021/acs.jafc.5c04360|Fei (2025)]]                                                                                                     | 
-| Bacterial spot of pepper and tomato                                                                                                                                  | //X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//  | [[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]                                                                                                                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-22-1098-RE|Beran (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|Shymanovich (2024)]]                                                              | +| Bacterial spot of pepper and tomato                                                                                                                                  | //X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//  | [[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]                 | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]                                                                                                                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-22-1098-RE|Beran (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|Shymanovich (2024)]]                                                              | 
-| Bacterial angular leaf spot of strawberry                                                                                                                            | //X. fragariae//                                                                                                           | [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]],  \\ [[https://doi.org/10.1186/2046-4053-4-9|Mirmajlessi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]]                                                                                                                            | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2007.05.018|Weller (2007)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\ [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]], \\ [[https://doi.org/10.1186/2046-4053-4-9|Mirmajlessi (2015)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]], \\ [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2026.0061|Choi (2026)]]                    | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                          | +| Bacterial angular leaf spot of strawberry                                                                                                                            | //X. fragariae//                                                                                                           | [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]],  \\ [[https://doi.org/10.1186/2046-4053-4-9|Mirmajlessi (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]]                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2007.05.018|Weller (2007)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\ [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]], \\ [[https://doi.org/10.1186/2046-4053-4-9|Mirmajlessi (2015)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]], \\ [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2026.0061|Choi (2026)]]                    | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                          | 
-| Bacterial blight of anthurium and other aroids                                                                                                                       | //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         | +| Bacterial blight of anthurium and other aroids                                                                                                                       | //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         | 
-| Bacterial leaf spot of poinsettia                                                                                                                                    | //X. axonopodis// pv. //poinsetticola//                                                                                    | [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  | +| Bacterial leaf spot of poinsettia                                                                                                                                    | //X. axonopodis// pv. //poinsetticola//                                                                                    | [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  | 
-| Bacterial leaf streak and black chaff of cereals                                                                                                                     | //X. cerealis// pv. //cerealis//, \\ //X. translucens// pv. //translucens//, \\ //X. translucens// pv. //undulosa//        | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-22-2677-SR|Alvandi (2023)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-22-0262-SA|Roman-Reyna (2023)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0022-SA|Tambong (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0887-SR|Fu (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-23-1827-RE|Tambong (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1080/07060661.2026.2622663|Anastasini (2026)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                            | +| Bacterial leaf streak and black chaff of cereals                                                                                                                     | //X. cerealis// pv. //cerealis//, \\ //X. translucens// pv. //translucens//, \\ //X. translucens// pv. //undulosa//        | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-22-2677-SR|Alvandi (2023)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-22-0262-SA|Roman-Reyna (2023)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0022-SA|Tambong (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0887-SR|Fu (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-23-1827-RE|Tambong (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1080/07060661.2026.2622663|Anastasini (2026)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                            | 
-| Common blight of bean                                                                                                                                                | //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, \\ //X. citri// pv. //fuscans//                                                          | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       | +| Common blight of bean                                                                                                                                                | //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, \\ //X. citri// pv. //fuscans//                                                          | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       | 
-| Cassava bacterial blight                                                                                                                                             | //X. phaseoli// pv. //manihotis//                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-23-1507-RE|Bispo Carvalho (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 | +| Cassava bacterial blight                                                                                                                                             | //X. phaseoli// pv. //manihotis//                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-23-1507-RE|Bispo Carvalho (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 | 
-| Alfalfa dwarf, Citrus variegated chlorosis, coffee leaf scorch, oleander leaf scorch, olive quick decline syndrome, phony peach disease, Pierce's disease of grapes  | //Xylella fastidiosa//                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/Phyto-84-456|Minsavage (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.05.010|Dupas (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]],  \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14903|Hodgetts (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|Hodgetts (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|Del Pilar Velasco Amo (2025)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.14601/Phytopathol_Mediterr-15250|Yaseen (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s13568-019-0774-9|Aglietti (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|Amoia (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|Farrall (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|Del Pilar Velasco Amo (2025)]]  |+| Alfalfa dwarf, Citrus variegated chlorosis, coffee leaf scorch, oleander leaf scorch, olive quick decline syndrome, phony peach disease, Pierce's disease of grapes  | //Xylella fastidiosa//                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/Phyto-84-456|Minsavage (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.05.010|Dupas (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]],  \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14903|Hodgetts (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|Hodgetts (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|Del Pilar Velasco Amo (2025)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.14601/Phytopathol_Mediterr-15250|Yaseen (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s13568-019-0774-9|Aglietti (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|Amoia (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|Farrall (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|Del Pilar Velasco Amo (2025)]]  |
  
 <sup>1</sup>  qPCR: quantitative real-time PCR; <sup>2</sup>  IA: isothermal amplification: <sup>3</sup>  NA: not applicable. <sup>1</sup>  qPCR: quantitative real-time PCR; <sup>2</sup>  IA: isothermal amplification: <sup>3</sup>  NA: not applicable.
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 Back CG, Lee SY, Lee BJ, Yea MC, Kim SM, Kang IK, Cha JS, Jung HY (2015). Development of a species-specific PCR assay for three //Xanthomonas// species, causing bulb and flower diseases, based on their genome sequences. Plant Pathol. J. 31: 212-218. DOI: [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049]] Back CG, Lee SY, Lee BJ, Yea MC, Kim SM, Kang IK, Cha JS, Jung HY (2015). Development of a species-specific PCR assay for three //Xanthomonas// species, causing bulb and flower diseases, based on their genome sequences. Plant Pathol. J. 31: 212-218. DOI: [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049]]
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 +Bangratz M, Wonni I, Kini K, Sondo M, Brugidou C, Béna G, Gnacko F, Barro M, Koebnik R, Silué D, Tollenaere C (2020). Design of a new multiplex PCR assay for rice pathogenic bacteria detection and its application to infer disease incidence and detect co-infection in rice fields in Burkina Faso. PLoS One 15: e0232115. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232115|10.1371/journal.pone.0232115]]
  
 Beran P, Mráz I (2013). Species-specific PCR primers for detection of //Xanthomonas vesicatoria//. Crop. Prot. 43: 213-215. DOI: [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|10.1016/j.cropro.2012.08.008]] Beran P, Mráz I (2013). Species-specific PCR primers for detection of //Xanthomonas vesicatoria//. Crop. Prot. 43: 213-215. DOI: [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|10.1016/j.cropro.2012.08.008]]
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 Cubero J, Graham JH (2005). Quantitative real-time polymerase chain reaction for bacterial enumeration and allelic discrimination to differentiate //Xanthomonas// strains on citrus. Phytopathology 95: 1333-1340. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|10.1094/PHYTO-95-1333]] Cubero J, Graham JH (2005). Quantitative real-time polymerase chain reaction for bacterial enumeration and allelic discrimination to differentiate //Xanthomonas// strains on citrus. Phytopathology 95: 1333-1340. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|10.1094/PHYTO-95-1333]]
  
-Cui Z, Ojaghian MR, Tao Z, Kakar KU, Zeng J, Zhao W, Duan Y, Vera Cruz CM, Li B, Zhu B, Xie G (2016). Multiplex PCR assay for simultaneous detection of six major bacterial pathogens of rice. J. Appl. Microbiol.120,1357–1367.DOI: [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|10.1111/jam.13094]]+Cui Z, Ojaghian MR, Tao Z, Kakar KU, Zeng J, Zhao W, Duan Y, Vera Cruz CM, Li B, Zhu B, Xie G (2016). Multiplex PCR assay for simultaneous detection of six major bacterial pathogens of rice. J. Appl. Microbiol.120: 1357-1367. DOI: [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|10.1111/jam.13094]]
  
 De Paiva BAR, Wendland A, Teixeira NC, Ferreira MASV (2020). Rapid detection of //Xanthomonas citri//pv. //fuscans //and //Xanthomonas phaseoli// pv. //phaseoli// in common bean by Loop-Mediated Isothermal Amplification. Plant Dis. 104: 198-203. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|10.1094/PDIS-02-19-0325-RE]] De Paiva BAR, Wendland A, Teixeira NC, Ferreira MASV (2020). Rapid detection of //Xanthomonas citri//pv. //fuscans //and //Xanthomonas phaseoli// pv. //phaseoli// in common bean by Loop-Mediated Isothermal Amplification. Plant Dis. 104: 198-203. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|10.1094/PDIS-02-19-0325-RE]]
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 Palacio-Bielsa A, Cubero J, Cambra MA, Collados R, Berruete IM, López MM (2011). Development of an efficient real-time quantitative PCR protocol for detection of //Xanthomonas arboricola// pv. //pruni// in //Prunus// species. Appl. Environ. Microbiol. 77: 89-97. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|10.1128/AEM.01593-10]] Palacio-Bielsa A, Cubero J, Cambra MA, Collados R, Berruete IM, López MM (2011). Development of an efficient real-time quantitative PCR protocol for detection of //Xanthomonas arboricola// pv. //pruni// in //Prunus// species. Appl. Environ. Microbiol. 77: 89-97. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|10.1128/AEM.01593-10]]
 +
 +Pandey S, Gupta S, Kumar P, Akthar J, Chalam VC (2026). Multiplex PCR for rapid and sensitive detection of //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzicola//, //Burkholderia glumae//, and //Burkholderia gladioli// in rice seeds. Physiol. Mol. Plant Pathol. 146: 103462. DOI: [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2026.103462|10.1016/j.pmpp.2026.103462]]
  
 Panth M, Noh E, Schnabel G, Wang H (2024). Development of a long amplicon PMA-qPCR assay for detection of viable //Xanthomonas arboricola// pv. //pruni// cells in peach trees. Plant Dis. 108: 2190-2196. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|10.1094/PDIS-01-24-0012-RE]] Panth M, Noh E, Schnabel G, Wang H (2024). Development of a long amplicon PMA-qPCR assay for detection of viable //Xanthomonas arboricola// pv. //pruni// cells in peach trees. Plant Dis. 108: 2190-2196. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|10.1094/PDIS-01-24-0012-RE]]
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