EuroXanth DokuWiki

User Tools

Site Tools

Trace:
diagnostics:dna_protocols

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
diagnostics:dna_protocols [2025/09/29 08:26] – [Table] rkoebnikdiagnostics:dna_protocols [2026/04/13 10:20] (current) – [References] rkoebnik
Line 14: Line 14:
 | Bacterial blight of anthurium and other aroids                                                                                                                       | //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | Bacterial blight of anthurium and other aroids                                                                                                                       | //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | Bacterial leaf spot of poinsettia                                                                                                                                    | //X. axonopodis// pv. //poinsetticola//                                                                                    | [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  | | Bacterial leaf spot of poinsettia                                                                                                                                    | //X. axonopodis// pv. //poinsetticola//                                                                                    | [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |
-| Bacterial leaf streak and black chaff of cereals                                                                                                                     | //X. translucens// pv. //translucens//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-22-0262-SA|Roman-Reyna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0022-SA|Tambong (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0887-SR|Fu (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-23-1827-RE|Tambong (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |+| Bacterial leaf streak and black chaff of cereals                                                                                                                     | //X. cerealis// pv. //cerealis//, \\ //X. translucens// pv. //translucens//, \\ //X. translucens// pv. //undulosa//        | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-22-2677-SR|Alvandi (2023)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-22-0262-SA|Roman-Reyna (2023)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0022-SA|Tambong (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0887-SR|Fu (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-23-1827-RE|Tambong (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1080/07060661.2026.2622663|Anastasini (2026)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                            |
 | Common blight of bean                                                                                                                                                | //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, \\ //X. citri// pv. //fuscans//                                                          | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       | | Common blight of bean                                                                                                                                                | //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, \\ //X. citri// pv. //fuscans//                                                          | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |
 | Cassava bacterial blight                                                                                                                                             | //X. phaseoli// pv. //manihotis//                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-23-1507-RE|Bispo Carvalho (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 | | Cassava bacterial blight                                                                                                                                             | //X. phaseoli// pv. //manihotis//                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-23-1507-RE|Bispo Carvalho (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |
Line 25: Line 25:
  
 Aguilar-Granados A, Hernández-Macías B, Santiago-Martínez G, Ruiz-Medrano R, Kameyama-Kawabe L, Hinojosa-Moya J, Del Carmen Montes-Horcasitas M, Xoconostle-Cázares B (2021). Genetic diversity of //Xylella fastidiosa// in Mexican vineyards. Plant Dis. 105: 1490-1494. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|10.1094/PDIS-09-20-1900-RE]] Aguilar-Granados A, Hernández-Macías B, Santiago-Martínez G, Ruiz-Medrano R, Kameyama-Kawabe L, Hinojosa-Moya J, Del Carmen Montes-Horcasitas M, Xoconostle-Cázares B (2021). Genetic diversity of //Xylella fastidiosa// in Mexican vineyards. Plant Dis. 105: 1490-1494. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|10.1094/PDIS-09-20-1900-RE]]
 +
 +Alvandi H, Taghavi SM, Khojasteh M, Rahimi T, Dutrieux C, Taghouti G, Jacques MA, Portier P, Osdaghi E (2023). Pathovar-specific PCR method for detection and identification of //Xanthomonas translucens// pv. //undulosa//. Plant Dis. 107: 2279-2287. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-22-2677-SR|10.1094/PDIS-11-22-2677-SR]]
  
 Amoia SS, Loconsole G, Ligorio A, Pantazis AK, Papadakis G, Gizeli E, Minafra A (2023). A colorimetric LAMP detection of //Xylella fastidiosa// in crude alkaline sap of olive trees in apulia as a field-based tool for disease containment. Agriculture 13: 448. DOI: [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|10.3390/agriculture13020448]] Amoia SS, Loconsole G, Ligorio A, Pantazis AK, Papadakis G, Gizeli E, Minafra A (2023). A colorimetric LAMP detection of //Xylella fastidiosa// in crude alkaline sap of olive trees in apulia as a field-based tool for disease containment. Agriculture 13: 448. DOI: [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|10.3390/agriculture13020448]]
 +
 +Anastasini V, Fu H, Yang Y, Wang L, Harding MW, Fleitas MC, Feindel D, Kutcher R, Feng J (2026). Development of a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for the detection of //Xanthomonas translucens// pv. //undulosa//, the bacterial leaf streak pathogen of wheat and barley. Can. J. Plant Pathol., in press. DOI: [[https://doi.org/10.1080/07060661.2026.2622663|10.1080/07060661.2026.2622663]]
  
 Araújo ER, Costa JR, Ferreira MASV, Quezado-Duval AM (2012). Simultaneous detection and identification of the //Xanthomonas// species complex associated with tomato bacterial spot using species-specific primers and multiplex PCR. J. Appl. Microbiol. 113: 1479-1490. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x]] Araújo ER, Costa JR, Ferreira MASV, Quezado-Duval AM (2012). Simultaneous detection and identification of the //Xanthomonas// species complex associated with tomato bacterial spot using species-specific primers and multiplex PCR. J. Appl. Microbiol. 113: 1479-1490. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x]]
Line 89: Line 93:
  
 Gétaz M, Bühlmann A, Schneeberger PHH, Van Malderghem C, Duffy B, Maes M, Pothier JF, Cottyn B (2017). A diagnostic tool for improved detection of //Xanthomonas fragariae// using a rapid and highly specific LAMP assay designed with comparative genomics. Plant Pathol. 66: 1094-1102. DOI: [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|10.1111/ppa.12665]] Gétaz M, Bühlmann A, Schneeberger PHH, Van Malderghem C, Duffy B, Maes M, Pothier JF, Cottyn B (2017). A diagnostic tool for improved detection of //Xanthomonas fragariae// using a rapid and highly specific LAMP assay designed with comparative genomics. Plant Pathol. 66: 1094-1102. DOI: [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|10.1111/ppa.12665]]
 +
 +Haque F, Shrestha K, Farhana FZ, Chakraborty M, Shaon MA, Tantu MT, Bin Manjur OH, Aktar S, Koo KM, Hussain T, Gurr GM, Shiddiky MJA (2026). On-site amplification-free electrochemical detection of the plant pathogen //Xylella fastidiosa// via cathodic potential-induced DNA adsorption. Analyst, in press. DOI: [[https://doi.org/10.1039/d6an00096g|10.1039/d6an00096g]]
  
 Harper SJ, Ward LI, Clover GR (2010). Development of LAMP and real-time PCR methods for the rapid detection of //Xylella fastidiosa// for quarantine and field applications. Phytopathology 100: 1282-1288. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|10.1094/PHYTO-06-10-0168]] Harper SJ, Ward LI, Clover GR (2010). Development of LAMP and real-time PCR methods for the rapid detection of //Xylella fastidiosa// for quarantine and field applications. Phytopathology 100: 1282-1288. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|10.1094/PHYTO-06-10-0168]]
Line 222: Line 228:
 Baldi P, La Porta N (2017). //Xylella fastidiosa//: host range and advance in molecular identification techniques. Front. Plant Sci. 8: 944. DOI: [[https://doi.org/10.3389/fpls.2017.00944|10.3389/fpls.2017.00944]] Baldi P, La Porta N (2017). //Xylella fastidiosa//: host range and advance in molecular identification techniques. Front. Plant Sci. 8: 944. DOI: [[https://doi.org/10.3389/fpls.2017.00944|10.3389/fpls.2017.00944]]
  
 +Osdaghi E, Taghavi SM, Aliabadi AA, Khojasteh M, Abachi H, Moallem M, Mohammadikhah S, Shah SMA, Chen G, Liu Z (2023). Detection and diagnosis of bacterial leaf streak on small grain cereals: from laboratory to field. Phytopathology 113: 2024-2036. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-09-22-0343-SA|10.1094/PHYTO-09-22-0343-SA]]
  
diagnostics/dna_protocols.1759130762.txt.gz · Last modified: 2025/09/29 08:26 by rkoebnik

Page Tools

Except where otherwise noted, content on this wiki is licensed under the following license: CC Attribution-Share Alike 4.0 International
CC Attribution-Share Alike 4.0 International Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki