User Tools

Site Tools


diagnostics:dna_protocols

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision
Previous revision
diagnostics:dna_protocols [2025/09/15 07:39] – [Table] rkoebnikdiagnostics:dna_protocols [2025/09/29 08:26] (current) – [Table] rkoebnik
Line 9: Line 9:
 | Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI|Hill (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                 | | Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI|Hill (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                 |
 | Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]                                                                             | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                | | Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]                                                                             | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                |
-| Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]]                                                                                                                                                                  |+| Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1021/acs.jafc.5c04360|Fei (2025)]]                                                                                                     |
 | Bacterial spot of pepper and tomato                                                                                                                                  | //X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//  | [[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]                                                                                                                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-22-1098-RE|Beran (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|Shymanovich (2024)]]                                                              | | Bacterial spot of pepper and tomato                                                                                                                                  | //X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//  | [[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]                                                                                                                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-22-1098-RE|Beran (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|Shymanovich (2024)]]                                                              |
 | Bacterial angular leaf spot of strawberry                                                                                                                            | //X. fragariae//                                                                                                           | [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]]                                                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]]                                                                                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                          | | Bacterial angular leaf spot of strawberry                                                                                                                            | //X. fragariae//                                                                                                           | [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]]                                                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]]                                                                                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                          |
Line 77: Line 77:
  
 Farrall T, Abeynayake SW, Webster W, Fiorito S, Dinsdale A, Whattam M, Campbell PR, Gambley C (2024). Development of a rapid, accurate, and field deployable LAMP-CRISPR-Cas12a integrated assay for //Xylella fastidiosa// detection and surveillance. Australas. Plant Pathol. 53: 115-120. DOI: [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|10.1007/s13313-023-00954-4]] Farrall T, Abeynayake SW, Webster W, Fiorito S, Dinsdale A, Whattam M, Campbell PR, Gambley C (2024). Development of a rapid, accurate, and field deployable LAMP-CRISPR-Cas12a integrated assay for //Xylella fastidiosa// detection and surveillance. Australas. Plant Pathol. 53: 115-120. DOI: [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|10.1007/s13313-023-00954-4]]
 +
 +Fei S, Zhang C, Zhang X, Xie Y, Fu S, Wu J (2025). An ultrasensitive immunocapture (IC)-RPA-CRISPR/Cas12a assay with three readout modes for detecting //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzicola// of rice bacterial leaf streak. J. Agric. Food Chem., in press. DOI: [[https://doi.org/10.1021/acs.jafc.5c04360|10.1021/acs.jafc.5c04360]]
  
 Fernandes C, Albuquerque P, Sousa R, Cruz L, Tavares F (2017). Multiple DNA markers for identification of //Xanthomonas arboricola// pv. //juglandis //isolates and its direct detection in plant samples. Plant Dis. 101: 858-865. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|10.1094/PDIS-10-16-1481-RE]] Fernandes C, Albuquerque P, Sousa R, Cruz L, Tavares F (2017). Multiple DNA markers for identification of //Xanthomonas arboricola// pv. //juglandis //isolates and its direct detection in plant samples. Plant Dis. 101: 858-865. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|10.1094/PDIS-10-16-1481-RE]]
diagnostics/dna_protocols.1757918370.txt.gz · Last modified: 2025/09/15 07:39 by rkoebnik