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 ^  Disease                                                                                                                                                             ^  Bacteria                                                                                                                  ^  Conventional PCR                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ^  qPCR<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ^  IA<sup>2</sup>    Methods                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ^ ^  Disease                                                                                                                                                             ^  Bacteria                                                                                                                  ^  Conventional PCR                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ^  qPCR<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ^  IA<sup>2</sup>    Methods                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ^
 | Onion bacterial blight                                                                                                                                               | //X. euvesicatoria// pv. //alli//                                                                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA<sup>3</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | | Onion bacterial blight                                                                                                                                               | //X. euvesicatoria// pv. //alli//                                                                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA<sup>3</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      |
-| Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |+| Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI|Hill (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                 |
 | Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]                                                                             | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                | | Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]                                                                             | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                |
 | Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]]                                                                                                                                                                  | | Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]]                                                                                                                                                                  |
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 Hartung JS, Pooler MR (1997). Immunocapture and multiplexed-PCR assay for //Xanthomonas fragariae//, causal agent of angular leafspot disease. Int. Soc. Hortic. Sci. 439: 821-828. DOI: [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|10.17660/ActaHortic.1997.439.136]] Hartung JS, Pooler MR (1997). Immunocapture and multiplexed-PCR assay for //Xanthomonas fragariae//, causal agent of angular leafspot disease. Int. Soc. Hortic. Sci. 439: 821-828. DOI: [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|10.17660/ActaHortic.1997.439.136]]
 +
 +Hill RS, Pal A, Dewdney MM, Cano L, Harmon CL (2025). Development and validation of an RPA assay for detecting //Xanthomonas citri// subsp. //citri// A, A*, and A<sup>w</sup>  and //X. fuscans// subsp.// aurantifolii// B and C. PhytoFrontiers 5: 197-208. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI|10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI]]
  
 Hodgetts J (2022). A panel of real-time PCR assays for the direct detection of all of the //Xylella fastidiosa// subspecies. Methods Mol. Biol. 2536: 201-230. DOI: [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|10.1007/978-1-0716-2517-0_13]] Hodgetts J (2022). A panel of real-time PCR assays for the direct detection of all of the //Xylella fastidiosa// subspecies. Methods Mol. Biol. 2536: 201-230. DOI: [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|10.1007/978-1-0716-2517-0_13]]
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