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--- diagnostics:dna_protocols [2025/02/14 12:42] – [Table] rkoebnik
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 This data is based on the review by [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9040862|Catara et al. (2021]]), focused on the molecular methods for diagnosis, detection, and studies on the diversity of plant pathogenic //Xanthomonas//, concentrating especially on regulated pathogens in the European Union published as a collective effort of the [[https://euroxanth.eu/management/wg1|Working Group 1]] 'Diagnostics & Diversity–Population Structure' from the [[https://euroxanth.eu|EuroXanth]] COST Action CA16107.
-**Main protocols described for regulated xanthomonads based on amplification of specific target DNAs.**
+**Main protocols described for regulated xanthomonads and beyond based on amplification of specific target DNAs.**
-^  Disease                                                                                                                                                             ^  Bacteria                                                                                                                  ^  Conventional PCR                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ^  qPCR<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ^  IA<sup>2</sup>    Methods                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ^
+^  Disease                                                                                                                                                             ^  Bacteria                                                                                                                  ^  Conventional PCR                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ^  qPCR<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ^  IA<sup>2</sup>    Methods                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ^
-| Onion bacterial blight                                                                                                                                               | //X. euvesicatoria// pv. //alli//                                                                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA<sup>3</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |
+| Onion bacterial blight                                                                                                                                               | //X. euvesicatoria// pv. //alli//                                                                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA<sup>3</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      |
-| Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                        |
+| Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI|Hill (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                 |
-| Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]  | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                    |
+| Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]                                                                             | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                |
-| Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]]                                                                                                      |
+| Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1021/acs.jafc.5c04360|Fei (2025)]]                                                                                                     |
-| Bacterial spot of pepper and tomato                                                                                                                                  | //X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//  | [[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-22-1098-RE|Beran (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|Shymanovich (2024)]]  |
+| Bacterial spot of pepper and tomato                                                                                                                                  | //X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//  | [[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]                                                                                                                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-22-1098-RE|Beran (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|Shymanovich (2024)]]                                                              |
-| Bacterial angular leaf spot of strawberry                                                                                                                            | //X. fragariae//                                                                                                           | [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]]                                                                                                                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]]                                                                                                                                                                                                         | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]]                                                                                                                                                                                              |
+| Bacterial angular leaf spot of strawberry                                                                                                                            | //X. fragariae//                                                                                                           | [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]]                                                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|Wang (2025)]]                                                                                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                          |
-| Bacterial blight of anthurium and other aroids                                                                                                                       | //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             |
+| Bacterial blight of anthurium and other aroids                                                                                                                       | //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
-| Bacterial leaf spot of poinsettia                                                                                                                                    | //X. axonopodis// pv. //poinsetticola//                                                                                    | [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      |
+| Bacterial leaf spot of poinsettia                                                                                                                                    | //X. axonopodis// pv. //poinsetticola//                                                                                    | [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |
-| Bacterial leaf streak and black chaff of cereals                                                                                                                     | //X. translucens// pv. //translucens//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-22-0262-SA|Roman-Reyna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0022-SA|Tambong (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0887-SR|Fu (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-23-1827-RE|Tambong (2024)]]                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
+| Bacterial leaf streak and black chaff of cereals                                                                                                                     | //X. translucens// pv. //translucens//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-22-0262-SA|Roman-Reyna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0022-SA|Tambong (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0887-SR|Fu (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-23-1827-RE|Tambong (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |
-| Common blight of bean                                                                                                                                                | //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, \\ //X. citri// pv. //fuscans//                                                          | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |
+| Common blight of bean                                                                                                                                                | //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, \\ //X. citri// pv. //fuscans//                                                          | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |
-| Cassava bacterial blight                                                                                                                                             | //X. phaseoli// pv. //manihotis//                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-23-1507-RE|Bispo Carvalho (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |
+| Cassava bacterial blight                                                                                                                                             | //X. phaseoli// pv. //manihotis//                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-23-1507-RE|Bispo Carvalho (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |
-| Alfalfa dwarf, Citrus variegated chlorosis, coffee leaf scorch, oleander leaf scorch, olive quick decline syndrome, phony peach disease, Pierce's disease of grapes  | //Xylella fastidiosa//                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.05.010|Dupas (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14903|Hodgetts (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|Hodgetts (2022)]]                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.14601/Phytopathol_Mediterr-15250|Yaseen (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s13568-019-0774-9|Aglietti (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|Amoia (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|Farrall (2024)]]                       |
+| Alfalfa dwarf, Citrus variegated chlorosis, coffee leaf scorch, oleander leaf scorch, olive quick decline syndrome, phony peach disease, Pierce's disease of grapes  | //Xylella fastidiosa//                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/Phyto-84-456|Minsavage (2025)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.05.010|Dupas (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]],  \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14903|Hodgetts (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|Hodgetts (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|Del Pilar Velasco Amo (2025)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.14601/Phytopathol_Mediterr-15250|Yaseen (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s13568-019-0774-9|Aglietti (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|Amoia (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|Farrall (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|Del Pilar Velasco Amo (2025)]]  |
 <sup>1</sup>  qPCR: quantitative real-time PCR; <sup>2</sup>  IA: isothermal amplification: <sup>3</sup>  NA: not applicable.
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 De Paiva BAR, Wendland A, Teixeira NC, Ferreira MASV (2020). Rapid detection of //Xanthomonas citri//pv. //fuscans //and //Xanthomonas phaseoli// pv. //phaseoli// in common bean by Loop-Mediated Isothermal Amplification. Plant Dis. 104: 198-203. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|10.1094/PDIS-02-19-0325-RE]]
+Del Pilar Velasco Amo M, Olivares-García C, Román-Écija M, Marco-Noales E, Navas-Cortés JA, Landa Del Castillo BB (2025). Modeling the accuracy of //Xylella fastidiosa// molecular diagnostic tests in naturally-infected almond tree samples. Plant Dis., in press. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|10.1094/PDIS-12-24-2568-RE]]
 Dupas E, Legendre B, Olivier V, Poliakoff F, Manceau C, Cunty A (2019). Comparison of real-time PCR and droplet digital PCR for the detection of //Xylella fastidiosa// in plants. J. Microbiol. Methods 162: 86-95. DOI: [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.05.010|10.1016/j.mimet.2019.05.010]]
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 Farrall T, Abeynayake SW, Webster W, Fiorito S, Dinsdale A, Whattam M, Campbell PR, Gambley C (2024). Development of a rapid, accurate, and field deployable LAMP-CRISPR-Cas12a integrated assay for //Xylella fastidiosa// detection and surveillance. Australas. Plant Pathol. 53: 115-120. DOI: [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|10.1007/s13313-023-00954-4]]
+Fei S, Zhang C, Zhang X, Xie Y, Fu S, Wu J (2025). An ultrasensitive immunocapture (IC)-RPA-CRISPR/Cas12a assay with three readout modes for detecting //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzicola// of rice bacterial leaf streak. J. Agric. Food Chem., in press. DOI: [[https://doi.org/10.1021/acs.jafc.5c04360|10.1021/acs.jafc.5c04360]]
 Fernandes C, Albuquerque P, Sousa R, Cruz L, Tavares F (2017). Multiple DNA markers for identification of //Xanthomonas arboricola// pv. //juglandis //isolates and its direct detection in plant samples. Plant Dis. 101: 858-865. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|10.1094/PDIS-10-16-1481-RE]]
@@ Line 91: / Line 95: @@
 Hartung JS, Pooler MR (1997). Immunocapture and multiplexed-PCR assay for //Xanthomonas fragariae//, causal agent of angular leafspot disease. Int. Soc. Hortic. Sci. 439: 821-828. DOI: [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|10.17660/ActaHortic.1997.439.136]]
+Hill RS, Pal A, Dewdney MM, Cano L, Harmon CL (2025). Development and validation of an RPA assay for detecting //Xanthomonas citri// subsp. //citri// A, A*, and A<sup>w</sup>  and //X. fuscans// subsp.// aurantifolii// B and C. PhytoFrontiers 5: 197-208. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI|10.1094/PHYTOFR-10-24-0120-FI]]
 Hodgetts J (2022). A panel of real-time PCR assays for the direct detection of all of the //Xylella fastidiosa// subspecies. Methods Mol. Biol. 2536: 201-230. DOI: [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|10.1007/978-1-0716-2517-0_13]]
@@ Line 135: / Line 141: @@
 Mavrodieva V, Levy L, Gabriel DW (2004). Improved sampling methods for real-time polymerase chain reaction diagnosis of citrus canker from field samples. Phytopathology 94: 61-68. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|10.1094/PHYTO.2004.94.1.61]]
+Minsavage GV, Thompson CM, Hopkins DL, Leite RMVBC, Stall RE (2025). Development of a polymerase chain reaction protocol for detection of //Xylella fastidiosa// in plant tissue. Phytopathology 115: 456-461. doi: [[https://doi.org/10.1094/Phyto-84-456|10.1094/Phyto-84-456]]
 Moltmann E, Zimmermann C (2005). Detection of //Xanthomonas fragariae// in symptomless strawberry plants by nested PCR. EPPO Bull. 35: 53-54. DOI: [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x]]
@@ Line 168: / Line 176: @@
 Shen YP, Zou LF, Li YR, Zou HS, Liu XL, Chen GY (2012). Xoryp_08180 of //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzicola//, encoding a hypothetical protein, is regulated by HrpG and HrpX and required for full virulence in rice. J. Integr. Agric. 11: 600-610. DOI: [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119|10.1016/S2095-3119]]
-Shymanovich T, Saville AC, Paul R, Wei Q, Ristaino JB (2024). Rapid detection of viral, bacterial, fungal, and oomycete pathogens on tomato with microneedles, LAMP on a microfluidic chip, and smartphone device. Phytopathology, in press. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|10.1094/PHYTO-12-23-0481-R]]
+Shymanovich T, Saville AC, Paul R, Wei Q, Ristaino JB (2024). Rapid detection of viral, bacterial, fungal, and oomycete pathogens on tomato with microneedles, LAMP on a microfluidic chip, and smartphone device. Phytopathology 114: 1975-1983. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|10.1094/PHYTO-12-23-0481-R]]
 Sidireddi SH, Park JW, Gonzalez M, Sétamou M, Kunta M (2024). Loop-mediated isothermal amplification assay for the detection of citrus canker causing bacterial variant, //Xanthomonas citri// pv. //citri// A<sup>w</sup>  strain. Int. J. Mol. Sci. 25: 11590. DOI: [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|10.3390/ijms252111590]]
@@ Line 199: / Line 207: @@
 Wang H, Turechek WW (2020). Detection of viable //Xanthomonas fragariae// cells in strawberry using propidium monoazide and long-amplicon quantitative PCR. Plant Dis. 104: 1105-1112. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|10.1094/PDIS-10-19-2248-RE]]
+Wang S, Wang P, Liao W, Liu X, Ouyang M, Lin S, Lin R, Xu Z, Chen G, Zhu B (2025). Rapid detection of //Xanthomonas fragariae// in strawberry using species-specific primers based on comparative genomics. Plant Dis., in press. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-11-24-2299-RE|10.1094/PDIS-11-24-2299-RE]]
 Webber JB, Putnam M, Serdani M, Pscheidt JW, Wiman NG, Stockwell VO (2020). Characterization of isolates of //Xanthomonas arboricola// pv. //corylina//, the causal agent of bacterial blight, from Oregon hazelnut orchards. J. Plant Pathol. 102: 799-812. DOI: [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|10.1007/s42161-020-00505-6]]

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