Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- diagnostics:dna_protocols [2025/02/13 14:22] – rkoebnik
+++ diagnostics:dna_protocols [2025/03/10 10:00] (current) – [References] rkoebnik
@@ Line 3: / Line 3: @@
 This data is based on the review by [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9040862|Catara et al. (2021]]), focused on the molecular methods for diagnosis, detection, and studies on the diversity of plant pathogenic //Xanthomonas//, concentrating especially on regulated pathogens in the European Union published as a collective effort of the [[https://euroxanth.eu/management/wg1|Working Group 1]] 'Diagnostics & Diversity–Population Structure' from the [[https://euroxanth.eu|EuroXanth]] COST Action CA16107.
-**Main protocols described for regulated xanthomonads based on amplification of specific target DNAs.**
+**Main protocols described for regulated xanthomonads and beyond based on amplification of specific target DNAs.**
-^  Disease  ^  Bacteria  ^  Conventional PCR  ^  qPCR<sup>1</sup>     ^  IA<sup>2</sup>    Methods  |
+^  Disease                                                                                                                                                             ^  Bacteria                                                                                                                  ^  Conventional PCR                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ^  qPCR<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ^  IA<sup>2</sup>    Methods                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ^
-|Onion bacterial blight |//X. euvesicatoria// pv. //alli//   |[[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]] |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]] |  NA<sup>3</sup>     |
+| Onion bacterial blight                                                                                                                                               | //X. euvesicatoria// pv. //alli//                                                                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA<sup>3</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      |
-|Citrus bacterial canker |//X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C  |[[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]] |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]] |[[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]] |
+| Citrus bacterial canker                                                                                                                                              | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]                                                                                                                                        | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|Sidireddi (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |
-|Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight |//X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//   |[[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]] |[[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]] |
+| Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight                                                                                                       | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                  | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-01-24-0012-RE|Panth (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s00253-024-13288-y|Sabuquillo (2024)]]                                                                             | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1254107|Kałużna (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                |
-|Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice |//X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//   |[[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]] |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]] |
+| Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice                                                                                                              | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.18699/VJGB-22-66|Koroleva (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2021.105809|Buddhachat (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|Ejaz (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|Zhu (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106466|Buddhachat (2024)]]                                                                                                                                                                  |
-|Bacterial spot of pepper and tomato |//X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//   |[[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]] |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]] |[[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-22-1098-RE|Beran (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|Shymanovich (2024)]] |
+| Bacterial spot of pepper and tomato                                                                                                                                  | //X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//  | [[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-22-0479-R|Utami (2023)]]                                                                                                                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-22-1098-RE|Beran (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.08.2022.0119|Siddique (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|Shymanovich (2024)]]                                                              |
-|Bacterial angular leaf spot of strawberry |//X. fragariae//   |[[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]] |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]] |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]] |
+| Bacterial angular leaf spot of strawberry                                                                                                                            | //X. fragariae//                                                                                                           | [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]]                                                                                                                                                                                                                                                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                          |
-|Bacterial blight of anthurium and other aroids |//X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//   |[[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]] |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]] |[[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]] |
+| Bacterial blight of anthurium and other aroids                                                                                                                       | //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
-|Bacterial leaf spot of poinsettia |//X. axonopodis// pv. //poinsetticola//   |[[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]] |  NA  |  NA  |
+| Bacterial leaf spot of poinsettia                                                                                                                                    | //X. axonopodis// pv. //poinsetticola//                                                                                    | [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |
-|Bacterial leaf streak and black chaff of cereals |//X. translucens// pv. //translucens//   |[[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-22-0262-SA|Roman-Reyna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]] |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0022-SA|Tambong (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0887-SR|Fu (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-23-1827-RE|Tambong (2024)]] |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]] |
+| Bacterial leaf streak and black chaff of cereals                                                                                                                     | //X. translucens// pv. //translucens//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-22-0262-SA|Roman-Reyna (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|Hong (2023)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0022-SA|Tambong (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-05-23-0887-SR|Fu (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-23-1827-RE|Tambong (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-03-22-0574-RE|Sarkes (2022)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |
-|Common blight of bean |//X. phaseoli// pv. //phaseoli//, \\ //X. citri// pv. //fuscans//   |[[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]] |
+| Common blight of bean                                                                                                                                                | //X. phaseoli// pv. //phaseoli//, \\ //X. citri// pv. //fuscans//                                                          | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |
-|Cassava bacterial blight |//X. phaseoli// pv. //manihotis//   |  |  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-23-1507-RE|Bispo Carvalho (2024)]] |
+| Cassava bacterial blight                                                                                                                                             | //X. phaseoli// pv. //manihotis//                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-23-1507-RE|Bispo Carvalho (2024)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |
-|Alfalfa dwarf, Citrus variegated chlorosis, coffee leaf scorch, oleander leaf scorch, olive quick decline syndrome, phony peach disease, Pierce's disease of grapes |//Xylella fastidiosa//   |  |  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.14601/Phytopathol_Mediterr-15250|Yaseen (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s13568-019-0774-9|Aglietti (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|Amoia (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|Farrall (2024)]] |
+| Alfalfa dwarf, Citrus variegated chlorosis, coffee leaf scorch, oleander leaf scorch, olive quick decline syndrome, phony peach disease, Pierce's disease of grapes  | //Xylella fastidiosa//                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|Jacques (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.05.010|Dupas (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]],  \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|Aguilar-Granados (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14903|Hodgetts (2021)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|Hodgetts (2022)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|Del Pilar Velasco Amo (2025)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-10-0168|Harper (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.14601/Phytopathol_Mediterr-15250|Yaseen (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s13568-019-0774-9|Aglietti (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.105992|Elbeaino (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|Amoia (2023)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s13313-023-00954-4|Farrall (2024)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|Del Pilar Velasco Amo (2025)]]  |
 <sup>1</sup>  qPCR: quantitative real-time PCR; <sup>2</sup>  IA: isothermal amplification: <sup>3</sup>  NA: not applicable.
@@ Line 23: / Line 23: @@
 Aglietti C, Luchi N, Pepori AL, Bartolini P, Pecori F, Raio A, Capretti P, Santini A (2019). Real-time loop-mediated isothermal amplification: an early-warning tool for quarantine plant pathogen detection. AMB Express 9: 50. DOI: [[https://doi.org/10.1186/s13568-019-0774-9|10.1186/s13568-019-0774-9]]
+Aguilar-Granados A, Hernández-Macías B, Santiago-Martínez G, Ruiz-Medrano R, Kameyama-Kawabe L, Hinojosa-Moya J, Del Carmen Montes-Horcasitas M, Xoconostle-Cázares B (2021). Genetic diversity of //Xylella fastidiosa// in Mexican vineyards. Plant Dis. 105: 1490-1494. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-20-1900-RE|10.1094/PDIS-09-20-1900-RE]]
 Amoia SS, Loconsole G, Ligorio A, Pantazis AK, Papadakis G, Gizeli E, Minafra A (2023). A colorimetric LAMP detection of //Xylella fastidiosa// in crude alkaline sap of olive trees in apulia as a field-based tool for disease containment. Agriculture 13: 448. DOI: [[https://doi.org/10.3390/agriculture13020448|10.3390/agriculture13020448]]
@@ Line 65: / Line 67: @@
 De Paiva BAR, Wendland A, Teixeira NC, Ferreira MASV (2020). Rapid detection of //Xanthomonas citri//pv. //fuscans //and //Xanthomonas phaseoli// pv. //phaseoli// in common bean by Loop-Mediated Isothermal Amplification. Plant Dis. 104: 198-203. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|10.1094/PDIS-02-19-0325-RE]]
+Del Pilar Velasco Amo M, Olivares-García C, Román-Écija M, Marco-Noales E, Navas-Cortés JA, Landa Del Castillo BB (2025). Modeling the accuracy of //Xylella fastidiosa// molecular diagnostic tests in naturally-infected almond tree samples. Plant Dis., in press. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-24-2568-RE|10.1094/PDIS-12-24-2568-RE]]
+Dupas E, Legendre B, Olivier V, Poliakoff F, Manceau C, Cunty A (2019). Comparison of real-time PCR and droplet digital PCR for the detection of //Xylella fastidiosa// in plants. J. Microbiol. Methods 162: 86-95. DOI: [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.05.010|10.1016/j.mimet.2019.05.010]]
 Ejaz K, Faiq A, Asif M, Zaka A, Nguyen MH, Cruz CV, Oliva R, Arif M, Yasmin S (2022) Molecular characterization and screening of //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzae//, isolated from Pakistan for prediction of bacterial leaf blight-resistant basmati rice. Physiol. Mol. Plant Pathol. 121: 101858. DOI: [[https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2022.101858|10.1016/j.pmpp.2022.101858]]
@@ Line 87: / Line 93: @@
 Hartung JS, Pooler MR (1997). Immunocapture and multiplexed-PCR assay for //Xanthomonas fragariae//, causal agent of angular leafspot disease. Int. Soc. Hortic. Sci. 439: 821-828. DOI: [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|10.17660/ActaHortic.1997.439.136]]
+Hodgetts J (2022). A panel of real-time PCR assays for the direct detection of all of the //Xylella fastidiosa// subspecies. Methods Mol. Biol. 2536: 201-230. DOI: [[https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2517-0_13|10.1007/978-1-0716-2517-0_13]]
+Hodgetts J, Glover R, Cole J, Hall J, Boonham N (2021). Genomics informed design of a suite of real-time PCR assays for the specific detection of each //Xylella fastidiosa// subspecies. J. Appl. Microbiol. 131: 855-872. DOI: [[https://doi.org/10.1111/jam.14903|10.1111/jam.14903]]
 Hong E, Bankole I, Zhao B, Shi G, Buck J, Feng J, Curland RD, Baldwin TT, Chapara VR, Liu Z (2023). DNA markers, pathogenicity test and multilocus sequence analysis to differentiate and characterize cereal specific //Xanthomonas translucens// strains. Phytopathology 113: 2062-2072. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA|10.1094/PHYTO-10-22-0381-SA]]
 Immanuel T, Taylor R, Keeling S, Brosnahan C, Alexander B (2020). Discrimination between viable and dead //Xanthomonas fragariae //in strawberry using viability PCR. J. Phytopathol. 168: 363-373. DOI: [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|10.1111/jph.12900]]
+Jacques MA, Denancé N, Legendre B, Morel E, Briand M, Mississipi S, Durand K, Olivier V, Portier P, Poliakoff F, Crouzillat D (2015). New coffee plant-infecting //Xylella fastidiosa// variants derived via homologous recombination. Appl. Environ. Microbiol. 82: 1556-1568. DOI: [[https://doi.org/10.1128/AEM.03299-15|10.1128/AEM.03299-15]]
 Jouen E, Chiroleu F, Maillot-Lebon V, Chabirand A, Merion S, Boyer C, Pruvost O, Robène I (2019). A duplex quantitative real-time PCR assay for the detection and quantification of //Xanthomonas phaseoli// pv. //dieffenbachiae //from diseased and latently infected anthurium tissue. J. Microbiol. Methods 161: 74-83. DOI: [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|j.mimet.2019.03.003]]
@@ Line 158: / Line 170: @@
 Shen YP, Zou LF, Li YR, Zou HS, Liu XL, Chen GY (2012). Xoryp_08180 of //Xanthomonas oryzae// pv. //oryzicola//, encoding a hypothetical protein, is regulated by HrpG and HrpX and required for full virulence in rice. J. Integr. Agric. 11: 600-610. DOI: [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119|10.1016/S2095-3119]]
-Shymanovich T, Saville AC, Paul R, Wei Q, Ristaino JB (2024). Rapid detection of viral, bacterial, fungal, and oomycete pathogens on tomato with microneedles, LAMP on a microfluidic chip, and smartphone device. Phytopathology, in press. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|10.1094/PHYTO-12-23-0481-R]]
+Shymanovich T, Saville AC, Paul R, Wei Q, Ristaino JB (2024). Rapid detection of viral, bacterial, fungal, and oomycete pathogens on tomato with microneedles, LAMP on a microfluidic chip, and smartphone device. Phytopathology 114: 1975-1983. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-12-23-0481-R|10.1094/PHYTO-12-23-0481-R]]
 Sidireddi SH, Park JW, Gonzalez M, Sétamou M, Kunta M (2024). Loop-mediated isothermal amplification assay for the detection of citrus canker causing bacterial variant, //Xanthomonas citri// pv. //citri// A<sup>w</sup>  strain. Int. J. Mol. Sci. 25: 11590. DOI: [[https://doi.org/10.3390/ijms252111590|10.3390/ijms252111590]]

EuroXanth DokuWiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools