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bacteria:t3e:t3e [2024/08/06 14:09] – [Type III effectors] rkoebnikbacteria:t3e:t3e [2025/02/27 15:19] (current) – [Table] rkoebnik
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-====== Type III effectors from Xanthomonas ======+====== Type III effectors from //Xanthomonas// ======
  
 [[http://www.biopred.net/xanthomonas/|Link to the original Xanthomonas //Resource @ xanthomonas.org]] [[http://www.biopred.net/xanthomonas/|Link to the original Xanthomonas //Resource @ xanthomonas.org]]
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 ===== Xanthomonas type III effectors ===== ===== Xanthomonas type III effectors =====
  
 +<datatables page-length="100">
 ^ Class   ^ Family                           ^ Synonyms                                        ^ Related proteins                                      ^ RefSeq ID (GenBank ID)                                                  ^ Function / Features                                                                                                                                                                                                                                                                     ^ ^ Class   ^ Family                           ^ Synonyms                                        ^ Related proteins                                      ^ RefSeq ID (GenBank ID)                                                  ^ Function / Features                                                                                                                                                                                                                                                                     ^
 | AvrBs1  | [[:bacteria:t3e:avrbs1|AvrBs1]]  |                                                 | AvrA                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011037255.1|WP_011037255.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | AvrBs1  | [[:bacteria:t3e:avrbs1|AvrBs1]]  |                                                 | AvrA                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011037255.1|WP_011037255.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
Line 60: Line 61:
 | XopU    | [[:bacteria:t3e:xopu|XopU]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011408937.1|WP_011408937.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopU    | [[:bacteria:t3e:xopu|XopU]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011408937.1|WP_011408937.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopV    | [[:bacteria:t3e:xopv|XopV]]      |                                                 | RipAD                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011409498.1|WP_011409498.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopV    | [[:bacteria:t3e:xopv|XopV]]      |                                                 | RipAD                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011409498.1|WP_011409498.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
-| XopW    | [[:bacteria:t3e:xopw|XopW]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_228329674.1|WP_228329674.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |+| XopW    | [[:bacteria:t3e:xopw|XopW]]      |                                                 | RS_T3E_Hyp14                                          | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_228329674.1|WP_228329674.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopX    | [[:bacteria:t3e:xopx|XopX]]      |                                                 | HopAE1 (HolPsyAE), RipBI                              | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346212.1|WP_011346212.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopX    | [[:bacteria:t3e:xopx|XopX]]      |                                                 | HopAE1 (HolPsyAE), RipBI                              | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346212.1|WP_011346212.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopY    | [[:bacteria:t3e:xopy|XopY]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011408080.1|WP_011408080.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopY    | [[:bacteria:t3e:xopy|XopY]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011408080.1|WP_011408080.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
Line 81: Line 82:
 | XopAL   | [[:bacteria:t3e:xopal2|XopAL2]]  |                                                 | Eop3, RS_T3E_Hyp14                                    | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012437264.1|WP_012437264.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopAL   | [[:bacteria:t3e:xopal2|XopAL2]]  |                                                 | Eop3, RS_T3E_Hyp14                                    | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012437264.1|WP_012437264.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopAM   | [[:bacteria:t3e:xopam|XopAM]]    |                                                 | HopR1, RipR                                           | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012438997.1|WP_012438997.1]]  | AvrE-family effector                                                                                                                                                                                                                                                                    | | XopAM   | [[:bacteria:t3e:xopam|XopAM]]    |                                                 | HopR1, RipR                                           | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012438997.1|WP_012438997.1]]  | AvrE-family effector                                                                                                                                                                                                                                                                    |
-| XopAN   | [[:bacteria:t3e:xopan|XopAN]]    |                                                 |                                                       |                                                                         |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |+| XopAN   | [[:bacteria:t3e:xopan|XopAN]]    |                                                 |                                                       |                                                                         | Replaced by XopAV                                                                                                                                                                                                                                                                       |
 | XopAO   | [[:bacteria:t3e:xopao|XopAO]]    |                                                 | AvrRpm1, RipBA                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_162267513.1|WP_162267513.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopAO   | [[:bacteria:t3e:xopao|XopAO]]    |                                                 | AvrRpm1, RipBA                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_162267513.1|WP_162267513.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopAP   | [[:bacteria:t3e:xopap|XopAP]]    |                                                 | RipAL                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_236504155.1|WP_236504155.1]]  | [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR029058/|α/β hydrolase fold]]; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF01764/|Class-3 lipase]]                                                                                                                                  | | XopAP   | [[:bacteria:t3e:xopap|XopAP]]    |                                                 | RipAL                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_236504155.1|WP_236504155.1]]  | [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR029058/|α/β hydrolase fold]]; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF01764/|Class-3 lipase]]                                                                                                                                  |
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 | XopAW   | [[:bacteria:t3e:xopaw|XopAW]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348129.1|WP_011348129.1]]  | Calcium-binding protein; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR002048/|EF-hand domain]]; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR018247/|Calcium-binding site]]                                                                                                 | | XopAW   | [[:bacteria:t3e:xopaw|XopAW]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348129.1|WP_011348129.1]]  | Calcium-binding protein; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR002048/|EF-hand domain]]; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR018247/|Calcium-binding site]]                                                                                                 |
 | XopAX   | [[:bacteria:t3e:xopax|XopAX]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041854960.1|WP_041854960.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopAX   | [[:bacteria:t3e:xopax|XopAX]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041854960.1|WP_041854960.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
-| XopAY   | [[:bacteria:t3e:xopay|XopAY]]    |                                                 |                                                       |                                                                         |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |+| XopAY   | [[:bacteria:t3e:xopay|XopAY]]    |                                                 |                                                       |                                                                         | Replaced by XopAV                                                                                                                                                                                                                                                                       |
 | XopAZ   | [[:bacteria:t3e:xopaz|XopAZ]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_104549896.1|WP_104549896.1]]  | SlpA superfamily; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR001179/|FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase]]                                                                                                                                                            | | XopAZ   | [[:bacteria:t3e:xopaz|XopAZ]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_104549896.1|WP_104549896.1]]  | SlpA superfamily; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR001179/|FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase]]                                                                                                                                                            |
 | XopBA   | [[:bacteria:t3e:xopba|XopBA]]    |                                                 | HopW1, RipBP                                          | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_227478587.1|WP_227478587.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopBA   | [[:bacteria:t3e:xopba|XopBA]]    |                                                 | HopW1, RipBP                                          | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_227478587.1|WP_227478587.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
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 | XopBF   |                                  |                                                 |                                                       |                                                                         | = XopAV class                                                                                                                                                                                                                                                                           | | XopBF   |                                  |                                                 |                                                       |                                                                         | = XopAV class                                                                                                                                                                                                                                                                           |
 | XopBG   | [[:bacteria:t3e:xopbg|XopBG]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_145953988.1|WP_145953988.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         | | XopBG   | [[:bacteria:t3e:xopbg|XopBG]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_145953988.1|WP_145953988.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 +| XopBH   |                                  |                                                 |                                                       |                                                                         | Reserved. Please contact Ralf Koebnik.                                                                                                                                                                                                                                                  |
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 ===== Avirulence or type III-secreted proteins that are not considered effectors in a narrow sense ===== ===== Avirulence or type III-secreted proteins that are not considered effectors in a narrow sense =====
  
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 ===== References ===== ===== References =====
bacteria/t3e/t3e.1722949755.txt.gz · Last modified: 2024/08/06 14:09 by rkoebnik

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