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--- bacteria:t3e:t3e [2024/04/25 10:56] – [Table] rkoebnik
+++ bacteria:t3e:t3e [2025/02/27 15:19] (current) – [Table] rkoebnik
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-====== Type III effectors ======
+====== Type III effectors from //Xanthomonas// ======
 [[http://www.biopred.net/xanthomonas/|Link to the original Xanthomonas //Resource @ xanthomonas.org]]
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 [[:bacteria:t3e:effectors|Multi-FASTA-formatted list of type III effectors from Xanthomonas]]
-[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011037255.1, WP_039418336.1, WP_011052943.1, WP_039417318.1, WP_011347616.1, WP_041183113.1, WP_228949438.1, WP_011345998.1, WP_011347479.1, WP_011052114.1, WP_244170787.1, WP_260607984.1, WP_011346095.1, WP_011348008.1, WP_039005675.1, WP_011346758.1, WP_011038360.1, WP_084217840.1, WP_011345706.1, WP_010377341.1, WP_011346406.1, WP_010367684.1, WP_011347382.1, WP_074052319.1, WP_011346137.1, WP_008572727.1, WP_228442257.1, WP_027703763.1, WP_218498620.1, WP_011346113.1, WP_011348010.1, WP_011346566.1, WP_104613784.1, WP_011349176.1, WP_011260681.1, WP_039418869.1, WP_199285673.1, WP_011408937.1, WP_011409498.1, WP_228329674.1, WP_011346212.1, WP_011408080.1, WP_011259177.1, WP_039421390.1, WP_041855088.1, WP_011409110.1, WP_011269629.1, WP_011409710.1, WP_011050288.1, WP_008577605.1, WP_227479740.1, WP_272820829.1, WP_007970248.1, WP_011037263.1, WP_011052119.1, WP_014504815.1, WP_269466020.1, WP_274360846.1, WP_012437264.1, WP_012438997.1, WP_162267513.1, WP_236504155.1, WP_233366621.1, APO95022.1, WP_229015407.1, AEL06363.1, WP_041855031.1, WP_065628638.1, WP_011269951.1, WP_011348129.1, WP_041854960.1, WP_104549896.1, WP_227478587.1, WP_251761698.1, WP_145953988.1?report=fasta|List of type III effectors in Xanthomonas]] (for download from NCBI)
+[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011037255.1, WP_039418336.1, WP_011052943.1, WP_039417318.1, WP_011347616.1, WP_041183113.1, WP_228949438.1, WP_011345998.1, WP_011347479.1, WP_011052114.1, WP_244170787.1, WP_260607984.1, WP_011346095.1, WP_011348008.1, WP_039005675.1, WP_011346758.1, WP_011038360.1, WP_084217840.1, WP_011345706.1, WP_010377341.1, WP_011346406.1, WP_010367684.1, WP_011347382.1, WP_074052319.1, WP_011346137.1, WP_008572727.1, WP_228442257.1, WP_196765268.1, WP_027703763.1, WP_218498620.1, WP_011346113.1, WP_011348010.1, WP_011346566.1, WP_104613784.1, WP_011349176.1, WP_011260681.1, WP_039418869.1, WP_199285673.1, WP_011408937.1, WP_011409498.1, WP_228329674.1, WP_011346212.1, WP_011408080.1, WP_011259177.1, WP_039421390.1, WP_041855088.1, WP_011409110.1, WP_011269629.1, WP_011409710.1, WP_011050288.1, WP_008577605.1, WP_227479740.1, WP_272820829.1, WP_007970248.1, WP_011037263.1, WP_011052119.1, WP_014504815.1, WP_269466020.1, WP_274360846.1, WP_012437264.1, WP_012438997.1, WP_162267513.1, WP_236504155.1, WP_233366621.1, APO95022.1, WP_229015407.1, AEL06363.1, WP_041855031.1, WP_065628638.1, WP_011269951.1, WP_011348129.1, WP_041854960.1, WP_104549896.1, WP_227478587.1, WP_251761698.1, WP_145953988.1?report=fasta|List of type III effectors in Xanthomonas]] (for download from NCBI)
 [[http://www.pseudomonas-syringae.org|Pseudomonas–Plant Interaction website]] (Lindeberg //et al.//, 2005)
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 ===== Xanthomonas type III effectors =====
+<datatables page-length="100">
 ^ Class   ^ Family                           ^ Synonyms                                        ^ Related proteins                                      ^ RefSeq ID (GenBank ID)                                                  ^ Function / Features                                                                                                                                                                                                                                                                     ^
 | AvrBs1  | [[:bacteria:t3e:avrbs1|AvrBs1]]  |                                                 | AvrA                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011037255.1|WP_011037255.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
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 | XopU    | [[:bacteria:t3e:xopu|XopU]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011408937.1|WP_011408937.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopV    | [[:bacteria:t3e:xopv|XopV]]      |                                                 | RipAD                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011409498.1|WP_011409498.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
-| XopW    | [[:bacteria:t3e:xopw|XopW]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_228329674.1|WP_228329674.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
+| XopW    | [[:bacteria:t3e:xopw|XopW]]      |                                                 | RS_T3E_Hyp14                                          | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_228329674.1|WP_228329674.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopX    | [[:bacteria:t3e:xopx|XopX]]      |                                                 | HopAE1 (HolPsyAE), RipBI                              | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346212.1|WP_011346212.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopY    | [[:bacteria:t3e:xopy|XopY]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011408080.1|WP_011408080.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
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 | XopAL   | [[:bacteria:t3e:xopal2|XopAL2]]  |                                                 | Eop3, RS_T3E_Hyp14                                    | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012437264.1|WP_012437264.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopAM   | [[:bacteria:t3e:xopam|XopAM]]    |                                                 | HopR1, RipR                                           | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012438997.1|WP_012438997.1]]  | AvrE-family effector                                                                                                                                                                                                                                                                    |
-| XopAN   | [[:bacteria:t3e:xopan|XopAN]]    |                                                 |                                                       |                                                                         |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
+| XopAN   | [[:bacteria:t3e:xopan|XopAN]]    |                                                 |                                                       |                                                                         | Replaced by XopAV                                                                                                                                                                                                                                                                       |
 | XopAO   | [[:bacteria:t3e:xopao|XopAO]]    |                                                 | AvrRpm1, RipBA                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_162267513.1|WP_162267513.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
 | XopAP   | [[:bacteria:t3e:xopap|XopAP]]    |                                                 | RipAL                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_236504155.1|WP_236504155.1]]  | [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR029058/|α/β hydrolase fold]]; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF01764/|Class-3 lipase]]                                                                                                                                  |
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 | XopAW   | [[:bacteria:t3e:xopaw|XopAW]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348129.1|WP_011348129.1]]  | Calcium-binding protein; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR002048/|EF-hand domain]]; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR018247/|Calcium-binding site]]                                                                                                 |
 | XopAX   | [[:bacteria:t3e:xopax|XopAX]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041854960.1|WP_041854960.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
-| XopAY   | [[:bacteria:t3e:xopay|XopAY]]    |                                                 |                                                       |                                                                         |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
+| XopAY   | [[:bacteria:t3e:xopay|XopAY]]    |                                                 |                                                       |                                                                         | Replaced by XopAV                                                                                                                                                                                                                                                                       |
 | XopAZ   | [[:bacteria:t3e:xopaz|XopAZ]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_104549896.1|WP_104549896.1]]  | SlpA superfamily; [[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR001179/|FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase]]                                                                                                                                                            |
 | XopBA   | [[:bacteria:t3e:xopba|XopBA]]    |                                                 | HopW1, RipBP                                          | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_227478587.1|WP_227478587.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
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 | XopBF   |                                  |                                                 |                                                       |                                                                         | = XopAV class                                                                                                                                                                                                                                                                           |
 | XopBG   | [[:bacteria:t3e:xopbg|XopBG]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_145953988.1|WP_145953988.1]]  |                                                                                                                                                                                                                                                                                         |
+| XopBH   |                                  |                                                 |                                                       |                                                                         | Reserved. Please contact Ralf Koebnik.                                                                                                                                                                                                                                                  |
+</datatables>
 ===== Avirulence or type III-secreted proteins that are not considered effectors in a narrow sense =====
+<datatables page-length="50">
 ^Name ^Synonyms ^Related proteins ^RefSeq ID (GenBank ID) ^Function / Features ^Reference |
 |AvrXccA1 |AvrXca |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011039290.1|WP_011039290.1]] |Avirulence protein, perhaps not a T3E |Parker //et al.//, 1993  |
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 |HrpW |  |RipW (formerly PopW) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_005926112.1|WP_005926112.1]] |[[https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF03211|Pectate lyase]], perhaps not a T3E |Charkowski //et al.//, 1998; Li //et al.//, 2010  |
 |XopA |Hpa1/HpaG |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346111.1|WP_011346111.1]] |Harpin, perhaps not a T3E |Zhu //et al.//, 2000; Kim //et al.//, 2004; Sgro //et al.//, 2012; Wang //et al.//, 2018  |
+</datatables>
 ===== References =====

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