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bacteria:t3e:software [2026/05/05 14:18] – [Table] rkoebnikbacteria:t3e:software [2026/06/26 10:03] (current) – [Further Reading] rkoebnik
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 Based on discusisons during the International Type III Secretion Meeting in Tübingen (Germany) in April 2016, a unified nomenclature for injectisome-type [[https://en.wikipedia.org/wiki/Type_three_secretion_system|type III secretion sytems]] was proposed in 2020 (Wagner & Diepold, 2020). This nomenclature was also advertised in the corresponding [[https://t3sswiki.science/index.php/Nomenclature_of_Type_III_Secretion_Systems|Wiki entry]]. At the same time, it was suggested to continue using the original name for T3SS chaperones and effectors. Algorithms to predict bacterial type III effectors are listed below. Based on discusisons during the International Type III Secretion Meeting in Tübingen (Germany) in April 2016, a unified nomenclature for injectisome-type [[https://en.wikipedia.org/wiki/Type_three_secretion_system|type III secretion sytems]] was proposed in 2020 (Wagner & Diepold, 2020). This nomenclature was also advertised in the corresponding [[https://t3sswiki.science/index.php/Nomenclature_of_Type_III_Secretion_Systems|Wiki entry]]. At the same time, it was suggested to continue using the original name for T3SS chaperones and effectors. Algorithms to predict bacterial type III effectors are listed below.
  
-^ Name                                       ^ Purpose                                                                ^ URL                                                                                                                      ^ Reference                                               ^ +^Name ^Purpose ^URL ^Reference | 
-| Effectidor II                              | T3E prediction                                                         | [[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]]                                                           | Wagner //et al.//, 2025                                 | +|Effectidor II |T3E prediction |[[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]] |Wagner //et al.//, 2025  | 
-| PLM-T3SE                                   | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Gao //et al.//, 2025                                    | +|PLM-T3SE |T3E prediction |  |Gao //et al.//, 2025  | 
-| Effectidor                                 | T3E prediction                                                         | [[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]]                                                           | Wagner //et al.//, 2022b                                | +|Effectidor |T3E prediction |[[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]] |Wagner //et al.//, 2022b  | 
-| Effectidor                                 | T3E prediction                                                         | [[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]]                                                           | Wagner //et al.//, 2022a                                | +|Effectidor |T3E prediction |[[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]] |Wagner //et al.//, 2022a  | 
-| DeepT3 2.0                                 | T3E prediction                                                         | [[http://advintbioinforlab.com/deept3/|http://advintbioinforlab.com/deept3/]]                                            | Jing //et al.//, 2021                                   | +|DeepT3 2.0 |T3E prediction |[[http://advintbioinforlab.com/deept3/|http://advintbioinforlab.com/deept3/]] |Jing //et al.//, 2021  | 
-| EP3                                        | T3E prediction                                                         | lab.malab.cn/~lijing/EP3.html                                                                                            | Li //et al.//, 2021                                     | +|EP3 |T3E prediction |lab.malab.cn/~lijing/EP3.html |Li //et al.//, 2021  | 
-| DeepT3_4                                   | T3E prediction                                                         | [[https://github.com/jingry/autoBioSeqpy/tree/2.0/examples/T3T4|github.com/jingry/autoBioSeqpy/tree/2.0/examples/T3T4]]  | Yu //et al.//, 2021                                     | +|DeepT3_4 |T3E prediction |[[https://github.com/jingry/autoBioSeqpy/tree/2.0/examples/T3T4|github.com/jingry/autoBioSeqpy/tree/2.0/examples/T3T4]] |Yu //et al.//, 2021  | 
-| T3SEpp                                     | T3E prediction                                                         | [[http://www.szu-bioinf.org/T3SEpp/|www.szu-bioinf.org/T3SEpp]]                                                          | Hui //et al.//, 2020                                    | +|iT3SE-PX |T3E prediction |Datasets and the source codes available at [[https://github.com/taigangliu/iT3SE-PX|https://github.com/taigangliu/iT3SE-PX]] |Ding //et al.//, 2021  | 
-| ACNNT3                                     | T3E prediction                                                         | Source code available at: [[https://github.com/Lijiesky/ACNNT3|https://github.com/Lijiesky/ACNNT3]]                      | Li //et al.//, 2020                                     | +|T3SEpp |T3E prediction |[[http://www.szu-bioinf.org/T3SEpp/|www.szu-bioinf.org/T3SEpp]] |Hui //et al.//, 2020  | 
-| PrediTALE                                  | TAL effector target prediction                                         | galaxy.informatik.uni-halle.de                                                                                           | Erkes //et al.//, 2019                                  | +|ACNNT3 |T3E prediction |Source code available at: [[https://github.com/Lijiesky/ACNNT3|https://github.com/Lijiesky/ACNNT3]] |Li //et al.//, 2020  | 
-| Phylogenetic profiling                     | T3E prediction                                                         | www.iib.unsam.edu.ar/orgsissec/                                                                                          | Zalguizuri //et al.//, 2019                             | +|PrediTALE |TAL effector target prediction |galaxy.informatik.uni-halle.de |Erkes //et al.//, 2019  | 
-| WEDeepT3                                   | T3E prediction                                                         | [[https://bcmi.sjtu.edu.cn/~yangyang/WEDeepT3.html|bcmi.sjtu.edu.cn/~yangyang/WEDeepT3.html]]                            | Fu & Yang, 2019                                         | +|Phylogenetic profiling |T3E prediction |[[http://www.iib.unsam.edu.ar/orgsissec/|www.iib.unsam.edu.ar/orgsissec/]] |Zalguizuri //et al.//, 2019  | 
-| DeepT3                                     | T3E prediction                                                         | [[https://github.com/lje00006/DeepT3|github.com/lje00006/DeepT3]]                                                        | Xue //et al.//, 2019                                    | +|WEDeepT3 |T3E prediction |[[https://bcmi.sjtu.edu.cn/~yangyang/WEDeepT3.html|bcmi.sjtu.edu.cn/~yangyang/WEDeepT3.html]] |Fu & Yang, 2019 | 
-| Bastion3                                   | T3E prediction                                                         | [[http://bastion3.erc.monash.edu/|bastion3.erc.monash.edu]]                                                              | Wang //et al.//, 2019                                   | +|DeepT3 |T3E prediction |[[https://github.com/lje00006/DeepT3|github.com/lje00006/DeepT3]] |Xue //et al.//, 2019  | 
-| Machine-learning algorithm                 | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Teper //et al.//, 2016                                  | +|Bastion3 |T3E prediction |[[http://bastion3.erc.monash.edu/|bastion3.erc.monash.edu]] |Wang //et al.//, 2019  | 
-| AnnoTALE                                   | Annotation and analysis of TAL effector genes                          | www.jstacs.de/index.php/AnnoTALE                                                                                         | Grau //et al.//, 2016                                   | +|Machine-learning algorithm |T3E prediction |  |Teper //et al.//, 2016  | 
-| GenSET                                     | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Hobbs //et al.//, 2016                                  | +|AnnoTALE |Annotation and analysis of TAL effector genes |[[http://www.jstacs.de/index.php/AnnoTALE|www.jstacs.de/index.php/AnnoTALE]] |Grau //et al.//, 2016  | 
-| pEffect                                    | T3E prediction                                                         | [[https://services.bromberglab.org/peffect/|services.bromberglab.org/peffect]]                                           | Goldberg //et al.//, 2016                               | +|GenSET |T3E prediction |  |Hobbs //et al.//, 2016  | 
-| QueTAL                                     | Suite for the functional and phylogenetic comparison of TAL effectors  | bioinfo-web.mpl.ird.fr/cgi-bin2/quetal/quetal.cgi                                                                        | Pérez-Quintero //et al.//, 2015                         | +|pEffect |T3E prediction |[[https://services.bromberglab.org/peffect/|services.bromberglab.org/peffect]] |Goldberg //et al.//, 2016  | 
-| HMM-LDA                                    | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Yang & Qi, 2014                                         | +|QueTAL |Suite for the functional and phylogenetic comparison of TAL effectors |bioinfo-web.mpl.ird.fr/cgi-bin2/quetal/quetal.cgi |Pérez-Quintero //et al.//, 2015  | 
-| Talvez                                     | TAL effector target prediction                                         | bioinfo-web.mpl.ird.fr/cgi-bin2/talvez/talvez.cgi                                                                        | Pérez-Quintero //et al.//, 2013                         | +|HMM-LDA |T3E prediction |  |Yang & Qi, 2014 | 
-| TALgetter                                  | TAL effector target prediction                                         | [[http://galaxy.informatik.uni-halle.de/|galaxy.informatik.uni-halle.de]]                                                | Grau //et al.//, 2013                                   | +|Talvez |TAL effector target prediction |bioinfo-web.mpl.ird.fr/cgi-bin2/talvez/talvez.cgi |Pérez-Quintero //et al.//, 2013  | 
-| T3SPs                                      | T3E prediction                                                         | cic.scu.edu.cn/bioinformatics/T3SPs.zip **(outdated)**                                                                   | Yang //et al.//, 2013                                   | +|TALgetter |TAL effector target prediction |[[http://galaxy.informatik.uni-halle.de/|galaxy.informatik.uni-halle.de]] |Grau //et al.//, 2013  | 
-| cSIEVE                                     | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Hovis //et al.//, 2013                                  | +|T3SPs |T3E prediction |cic.scu.edu.cn/bioinformatics/T3SPs.zip **(outdated)**   |Yang //et al.//, 2013  | 
-| T3_MM                                      | T3E prediction                                                         | biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/softwares/T3_MM (R package), biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/T3DB/T3_MM.php **(outdated)**       | Wang //et al.//, 2013                                   | +|cSIEVE |T3E prediction |  |Hovis //et al.//, 2013  | 
-| BEAN                                       | T3E prediction                                                         | systbio.cau.edu.cn/bean/                                                                                                 | Dong //et al.//, 2013; Dong //et al.//, 2015            | +|T3_MM |T3E prediction |biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/softwares/T3_MM (R package), biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/T3DB/T3_MM.php **(outdated)**   |Wang //et al.//, 2013  | 
-| RalstoT3Edb                                | T3E prediction & database                                              | iant.toulouse.inra.fr/T3E                                                                                                | Peeters //et al.//, 2013; Sabbagh //et al.//, 2019      | +|BEAN |T3E prediction |systbio.cau.edu.cn/bean/ |Dong //et al.//, 2013; Dong //et al.//, 2015  | 
-| TALE-NT                                    | TAL effector target prediction                                         | [[https://boglab.plp.iastate.edu|boglab.plp.iastate.edu]]                                                                | Doyle //et al.//, 2012                                  | +|RalstoT3Edb |T3E prediction & database |iant.toulouse.inra.fr/T3E |Peeters //et al.//, 2013; Sabbagh //et al.//, 2019  | 
-| T3DB                                       | T3E database                                                           | biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/T3DB/ **(outdated)**                                                                         | Wang //et al.//, 2012                                   | +|TALE-NT |TAL effector target prediction |[[https://boglab.plp.iastate.edu|boglab.plp.iastate.edu]] |Doyle //et al.//, 2012  | 
-| EffectPred                                 | T3E prediction                                                         | Source code available at: www.p.chiba-u.ac.jp/lab/bisei/software/index.html **(outdated)**                               | Sato //et al.//, 2011                                   | +|T3DB |T3E database |biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/T3DB/ **(outdated)**   |Wang //et al.//, 2012  | 
-| BPBAac                                     | T3E prediction                                                         | biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/softwares/BPBAac/ **(outdated)**                                                             | Wang //et al.//, 2011                                   | +|EffectPred |T3E prediction |Source code available at: [[http://www.p.chiba-u.ac.jp/lab/bisei/software/index.html|www.p.chiba-u.ac.jp/lab/bisei/software/index.html]] **(outdated)**   |Sato //et al.//, 2011  | 
-| HMM (EPIYA motif)                          | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Xu //et al.//, 2010                                     | +|BPBAac |T3E prediction |biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/softwares/BPBAac/ **(outdated)**   |Wang //et al.//, 2011  | 
-| T3SEdb                                     | T3E prediction & database                                              | effectors.bic.nus.edu.sg/T3SEdb/ **(outdated)**                                                                          | Tay //et al.//, 2010                                    | +|HMM (EPIYA motif) |T3E prediction |  |Xu //et al.//, 2010  | 
-| Classifier                                 | T3E prediction                                                         | Discriminant functions available upon request                                                                            | Kampenusa & Zikmanis, 2010                              | +|T3SEdb |T3E prediction & database |effectors.bic.nus.edu.sg/T3SEdb/ **(outdated)**   |Tay //et al.//, 2010  | 
-| Classifier                                 | T3E prediction                                                         | Method and data available upon request                                                                                   | Yang //et al.//, 2010                                   | +|Classifier |T3E prediction |Discriminant functions available upon request |Kampenusa & Zikmanis, 2010 | 
-| modlab                                     | T3E prediction                                                         | gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/T3SS_prediction/T3SS_prediction.html **(outdated)**                                    | Löwer & Schneider, 2009                                 | +|Classifier |T3E prediction |Method and data available upon request |Yang //et al.//, 2010  | 
-| EffectiveT3                                | T3E prediction                                                         | www.effectors.org                                                                                                        | Arnold //et al.//, 2009                                 | +|modlab |T3E prediction |gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/T3SS_prediction/T3SS_prediction.html **(outdated)**   |Löwer & Schneider, 2009 | 
-| SIEVE                                      | T3E prediction                                                         | www.sysbep.org/sieve/ **(outdated)**                                                                                     | Samudrala //et al.//, 2009; McDermott //et al.//, 2011  | +|EffectiveT3 |T3E prediction |[[http://www.effectors.org|www.effectors.org]] |Arnold //et al.//, 2009  | 
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