EuroXanth DokuWiki

User Tools

Site Tools

Trace:
bacteria:t3e:software

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
bacteria:t3e:software [2026/05/05 14:18] – [Table] rkoebnikbacteria:t3e:software [2026/05/05 14:25] (current) – [References] rkoebnik
Line 3: Line 3:
 Based on discusisons during the International Type III Secretion Meeting in Tübingen (Germany) in April 2016, a unified nomenclature for injectisome-type [[https://en.wikipedia.org/wiki/Type_three_secretion_system|type III secretion sytems]] was proposed in 2020 (Wagner & Diepold, 2020). This nomenclature was also advertised in the corresponding [[https://t3sswiki.science/index.php/Nomenclature_of_Type_III_Secretion_Systems|Wiki entry]]. At the same time, it was suggested to continue using the original name for T3SS chaperones and effectors. Algorithms to predict bacterial type III effectors are listed below. Based on discusisons during the International Type III Secretion Meeting in Tübingen (Germany) in April 2016, a unified nomenclature for injectisome-type [[https://en.wikipedia.org/wiki/Type_three_secretion_system|type III secretion sytems]] was proposed in 2020 (Wagner & Diepold, 2020). This nomenclature was also advertised in the corresponding [[https://t3sswiki.science/index.php/Nomenclature_of_Type_III_Secretion_Systems|Wiki entry]]. At the same time, it was suggested to continue using the original name for T3SS chaperones and effectors. Algorithms to predict bacterial type III effectors are listed below.
  
-^ Name                                       ^ Purpose                                                                ^ URL                                                                                                                      ^ Reference                                               ^ +^Name ^Purpose ^URL ^Reference | 
-| Effectidor II                              | T3E prediction                                                         | [[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]]                                                           | Wagner //et al.//, 2025                                 | +|Effectidor II |T3E prediction |[[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]] |Wagner //et al.//, 2025  | 
-| PLM-T3SE                                   | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Gao //et al.//, 2025                                    | +|PLM-T3SE |T3E prediction |  |Gao //et al.//, 2025  | 
-| Effectidor                                 | T3E prediction                                                         | [[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]]                                                           | Wagner //et al.//, 2022b                                | +|Effectidor |T3E prediction |[[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]] |Wagner //et al.//, 2022b  | 
-| Effectidor                                 | T3E prediction                                                         | [[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]]                                                           | Wagner //et al.//, 2022a                                | +|Effectidor |T3E prediction |[[https://effectidor.tau.ac.il/|https://effectidor.tau.ac.il]] |Wagner //et al.//, 2022a  | 
-| DeepT3 2.0                                 | T3E prediction                                                         | [[http://advintbioinforlab.com/deept3/|http://advintbioinforlab.com/deept3/]]                                            | Jing //et al.//, 2021                                   | +|DeepT3 2.0 |T3E prediction |[[http://advintbioinforlab.com/deept3/|http://advintbioinforlab.com/deept3/]] |Jing //et al.//, 2021  | 
-| EP3                                        | T3E prediction                                                         | lab.malab.cn/~lijing/EP3.html                                                                                            | Li //et al.//, 2021                                     | +|EP3 |T3E prediction |lab.malab.cn/~lijing/EP3.html |Li //et al.//, 2021  | 
-| DeepT3_4                                   | T3E prediction                                                         | [[https://github.com/jingry/autoBioSeqpy/tree/2.0/examples/T3T4|github.com/jingry/autoBioSeqpy/tree/2.0/examples/T3T4]]  | Yu //et al.//, 2021                                     | +|DeepT3_4 |T3E prediction |[[https://github.com/jingry/autoBioSeqpy/tree/2.0/examples/T3T4|github.com/jingry/autoBioSeqpy/tree/2.0/examples/T3T4]] |Yu //et al.//, 2021  | 
-| T3SEpp                                     | T3E prediction                                                         | [[http://www.szu-bioinf.org/T3SEpp/|www.szu-bioinf.org/T3SEpp]]                                                          | Hui //et al.//, 2020                                    | +|iT3SE-PX |T3E prediction |Datasets and the source codes available at [[https://github.com/taigangliu/iT3SE-PX|https://github.com/taigangliu/iT3SE-PX]] |Ding //et al.//, 2021  | 
-| ACNNT3                                     | T3E prediction                                                         | Source code available at: [[https://github.com/Lijiesky/ACNNT3|https://github.com/Lijiesky/ACNNT3]]                      | Li //et al.//, 2020                                     | +|T3SEpp |T3E prediction |[[http://www.szu-bioinf.org/T3SEpp/|www.szu-bioinf.org/T3SEpp]] |Hui //et al.//, 2020  | 
-| PrediTALE                                  | TAL effector target prediction                                         | galaxy.informatik.uni-halle.de                                                                                           | Erkes //et al.//, 2019                                  | +|ACNNT3 |T3E prediction |Source code available at: [[https://github.com/Lijiesky/ACNNT3|https://github.com/Lijiesky/ACNNT3]] |Li //et al.//, 2020  | 
-| Phylogenetic profiling                     | T3E prediction                                                         | www.iib.unsam.edu.ar/orgsissec/                                                                                          | Zalguizuri //et al.//, 2019                             | +|PrediTALE |TAL effector target prediction |galaxy.informatik.uni-halle.de |Erkes //et al.//, 2019  | 
-| WEDeepT3                                   | T3E prediction                                                         | [[https://bcmi.sjtu.edu.cn/~yangyang/WEDeepT3.html|bcmi.sjtu.edu.cn/~yangyang/WEDeepT3.html]]                            | Fu & Yang, 2019                                         | +|Phylogenetic profiling |T3E prediction |[[http://www.iib.unsam.edu.ar/orgsissec/|www.iib.unsam.edu.ar/orgsissec/]] |Zalguizuri //et al.//, 2019  | 
-| DeepT3                                     | T3E prediction                                                         | [[https://github.com/lje00006/DeepT3|github.com/lje00006/DeepT3]]                                                        | Xue //et al.//, 2019                                    | +|WEDeepT3 |T3E prediction |[[https://bcmi.sjtu.edu.cn/~yangyang/WEDeepT3.html|bcmi.sjtu.edu.cn/~yangyang/WEDeepT3.html]] |Fu & Yang, 2019 | 
-| Bastion3                                   | T3E prediction                                                         | [[http://bastion3.erc.monash.edu/|bastion3.erc.monash.edu]]                                                              | Wang //et al.//, 2019                                   | +|DeepT3 |T3E prediction |[[https://github.com/lje00006/DeepT3|github.com/lje00006/DeepT3]] |Xue //et al.//, 2019  | 
-| Machine-learning algorithm                 | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Teper //et al.//, 2016                                  | +|Bastion3 |T3E prediction |[[http://bastion3.erc.monash.edu/|bastion3.erc.monash.edu]] |Wang //et al.//, 2019  | 
-| AnnoTALE                                   | Annotation and analysis of TAL effector genes                          | www.jstacs.de/index.php/AnnoTALE                                                                                         | Grau //et al.//, 2016                                   | +|Machine-learning algorithm |T3E prediction |  |Teper //et al.//, 2016  | 
-| GenSET                                     | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Hobbs //et al.//, 2016                                  | +|AnnoTALE |Annotation and analysis of TAL effector genes |[[http://www.jstacs.de/index.php/AnnoTALE|www.jstacs.de/index.php/AnnoTALE]] |Grau //et al.//, 2016  | 
-| pEffect                                    | T3E prediction                                                         | [[https://services.bromberglab.org/peffect/|services.bromberglab.org/peffect]]                                           | Goldberg //et al.//, 2016                               | +|GenSET |T3E prediction |  |Hobbs //et al.//, 2016  | 
-| QueTAL                                     | Suite for the functional and phylogenetic comparison of TAL effectors  | bioinfo-web.mpl.ird.fr/cgi-bin2/quetal/quetal.cgi                                                                        | Pérez-Quintero //et al.//, 2015                         | +|pEffect |T3E prediction |[[https://services.bromberglab.org/peffect/|services.bromberglab.org/peffect]] |Goldberg //et al.//, 2016  | 
-| HMM-LDA                                    | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Yang & Qi, 2014                                         | +|QueTAL |Suite for the functional and phylogenetic comparison of TAL effectors |bioinfo-web.mpl.ird.fr/cgi-bin2/quetal/quetal.cgi |Pérez-Quintero //et al.//, 2015  | 
-| Talvez                                     | TAL effector target prediction                                         | bioinfo-web.mpl.ird.fr/cgi-bin2/talvez/talvez.cgi                                                                        | Pérez-Quintero //et al.//, 2013                         | +|HMM-LDA |T3E prediction |  |Yang & Qi, 2014 | 
-| TALgetter                                  | TAL effector target prediction                                         | [[http://galaxy.informatik.uni-halle.de/|galaxy.informatik.uni-halle.de]]                                                | Grau //et al.//, 2013                                   | +|Talvez |TAL effector target prediction |bioinfo-web.mpl.ird.fr/cgi-bin2/talvez/talvez.cgi |Pérez-Quintero //et al.//, 2013  | 
-| T3SPs                                      | T3E prediction                                                         | cic.scu.edu.cn/bioinformatics/T3SPs.zip **(outdated)**                                                                   | Yang //et al.//, 2013                                   | +|TALgetter |TAL effector target prediction |[[http://galaxy.informatik.uni-halle.de/|galaxy.informatik.uni-halle.de]] |Grau //et al.//, 2013  | 
-| cSIEVE                                     | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Hovis //et al.//, 2013                                  | +|T3SPs |T3E prediction |cic.scu.edu.cn/bioinformatics/T3SPs.zip **(outdated)**   |Yang //et al.//, 2013  | 
-| T3_MM                                      | T3E prediction                                                         | biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/softwares/T3_MM (R package), biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/T3DB/T3_MM.php **(outdated)**       | Wang //et al.//, 2013                                   | +|cSIEVE |T3E prediction |  |Hovis //et al.//, 2013  | 
-| BEAN                                       | T3E prediction                                                         | systbio.cau.edu.cn/bean/                                                                                                 | Dong //et al.//, 2013; Dong //et al.//, 2015            | +|T3_MM |T3E prediction |biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/softwares/T3_MM (R package), biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/T3DB/T3_MM.php **(outdated)**   |Wang //et al.//, 2013  | 
-| RalstoT3Edb                                | T3E prediction & database                                              | iant.toulouse.inra.fr/T3E                                                                                                | Peeters //et al.//, 2013; Sabbagh //et al.//, 2019      | +|BEAN |T3E prediction |systbio.cau.edu.cn/bean/ |Dong //et al.//, 2013; Dong //et al.//, 2015  | 
-| TALE-NT                                    | TAL effector target prediction                                         | [[https://boglab.plp.iastate.edu|boglab.plp.iastate.edu]]                                                                | Doyle //et al.//, 2012                                  | +|RalstoT3Edb |T3E prediction & database |iant.toulouse.inra.fr/T3E |Peeters //et al.//, 2013; Sabbagh //et al.//, 2019  | 
-| T3DB                                       | T3E database                                                           | biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/T3DB/ **(outdated)**                                                                         | Wang //et al.//, 2012                                   | +|TALE-NT |TAL effector target prediction |[[https://boglab.plp.iastate.edu|boglab.plp.iastate.edu]] |Doyle //et al.//, 2012  | 
-| EffectPred                                 | T3E prediction                                                         | Source code available at: www.p.chiba-u.ac.jp/lab/bisei/software/index.html **(outdated)**                               | Sato //et al.//, 2011                                   | +|T3DB |T3E database |biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/T3DB/ **(outdated)**   |Wang //et al.//, 2012  | 
-| BPBAac                                     | T3E prediction                                                         | biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/softwares/BPBAac/ **(outdated)**                                                             | Wang //et al.//, 2011                                   | +|EffectPred |T3E prediction |Source code available at: [[http://www.p.chiba-u.ac.jp/lab/bisei/software/index.html|www.p.chiba-u.ac.jp/lab/bisei/software/index.html]] **(outdated)**   |Sato //et al.//, 2011  | 
-| HMM (EPIYA motif)                          | T3E prediction                                                         |                                                                                                                          | Xu //et al.//, 2010                                     | +|BPBAac |T3E prediction |biocomputer.bio.cuhk.edu.hk/softwares/BPBAac/ **(outdated)**   |Wang //et al.//, 2011  | 
-| T3SEdb                                     | T3E prediction & database                                              | effectors.bic.nus.edu.sg/T3SEdb/ **(outdated)**                                                                          | Tay //et al.//, 2010                                    | +|HMM (EPIYA motif) |T3E prediction |  |Xu //et al.//, 2010  | 
-| Classifier                                 | T3E prediction                                                         | Discriminant functions available upon request                                                                            | Kampenusa & Zikmanis, 2010                              | +|T3SEdb |T3E prediction & database |effectors.bic.nus.edu.sg/T3SEdb/ **(outdated)**   |Tay //et al.//, 2010  | 
-| Classifier                                 | T3E prediction                                                         | Method and data available upon request                                                                                   | Yang //et al.//, 2010                                   | +|Classifier |T3E prediction |Discriminant functions available upon request |Kampenusa & Zikmanis, 2010 | 
-| modlab                                     | T3E prediction                                                         | gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/T3SS_prediction/T3SS_prediction.html **(outdated)**                                    | Löwer & Schneider, 2009                                 | +|Classifier |T3E prediction |Method and data available upon request |Yang //et al.//, 2010  | 
-| EffectiveT3                                | T3E prediction                                                         | www.effectors.org                                                                                                        | Arnold //et al.//, 2009                                 | +|modlab |T3E prediction |gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/T3SS_prediction/T3SS_prediction.html **(outdated)**   |Löwer & Schneider, 2009 | 
-| SIEVE                                      | T3E prediction                                                         | www.sysbep.org/sieve/ **(outdated)**                                                                                     | Samudrala //et al.//, 2009; McDermott //et al.//, 2011  | +|EffectiveT3 |T3E prediction |[[http://www.effectors.org|www.effectors.org]] |Arnold //et al.//, 2009  | 
-| //Pseudomonas//–Plant Interaction website  | T3E database                                                           | www.pseudomonas-syringae.org                                                                                             | Lindeberg //et al.//, 2005                              |+|SIEVE |T3E prediction |[[http://www.sysbep.org/sieve/|www.sysbep.org/sieve/]] **(outdated)**   |Samudrala //et al.//, 2009; McDermott //et al.//, 2011  | 
 +|//Pseudomonas//–Plant Interaction website  |T3E database |[[http://www.pseudomonas-syringae.org|www.pseudomonas-syringae.org]] |Lindeberg //et al.//, 2005  |
  
 ===== References ===== ===== References =====
  
 Arnold R, Brandmaier S, Kleine F, Tischler P, Heinz E, Behrens S, Niinikoski A, Mewes HW, Horn M, Rattei T (2009). Sequence-based prediction of type III secreted proteins. PLoS Pathog. 5: e1000376. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000376|10.1371/journal.ppat.1000376]] Arnold R, Brandmaier S, Kleine F, Tischler P, Heinz E, Behrens S, Niinikoski A, Mewes HW, Horn M, Rattei T (2009). Sequence-based prediction of type III secreted proteins. PLoS Pathog. 5: e1000376. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000376|10.1371/journal.ppat.1000376]]
 +
 +Ding C, Han H, Li Q, Yang X, Liu T (2021). iT3SE-PX: identification of bacterial type III secreted effectors using PSSM profiles and XGBoost feature selection. Comput. Math. Methods Med. 2021: 6690299. DOI: [[https://doi.org/10.1155/2021/6690299|10.1155/2021/6690299]]
  
 Dong X, Lu X, Zhang Z (2015). BEAN 2.0: an integrated web resource for the identification and functional analysis of type III secreted effectors. Database (Oxford) 2015: bav064. DOI: [[https://doi.org/10.1093/database/bav064|10.1093/database/bav064]] Dong X, Lu X, Zhang Z (2015). BEAN 2.0: an integrated web resource for the identification and functional analysis of type III secreted effectors. Database (Oxford) 2015: bav064. DOI: [[https://doi.org/10.1093/database/bav064|10.1093/database/bav064]]
bacteria/t3e/software.1777987083.txt.gz · Last modified: 2026/05/05 14:18 by rkoebnik

Page Tools

Except where otherwise noted, content on this wiki is licensed under the following license: CC Attribution-Share Alike 4.0 International
CC Attribution-Share Alike 4.0 International Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki